Создание выборки белков с одинаковыми функциями
Задача - создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и MetJ-аденозилметионин транскрипционный репрессор.
Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release...
|
|
Часть 2.Oписание процедуры составления выборки
Мы работали с Sequence Retreival System (SRS), разрабоанной
фирмой LION. Поиск белков, выполняющих ту же функцию, что и
MetJ-аденозилметионин транскрипционный репрессор, проводился в банках
данных Uniprot и Swiss-Prot по таким полям,
как Description и Taxonomy. В Swis-Prot было обнаружено 3 документa,
отвечающих заданным параметрам, а в Uniprot - 18.
Расширяя нашу выборку и добавляя некоторые ограничения на таксономию,
из банка данных Uniprot мы получали результат(11 документов), который включал в себя такие данные как:
1.AC (внутренний уникальный постоянный идентификатор документа)
2.ID (имя документа /белка)
3.ТАКСОН
4.ОРГАНИЗМ
|
Часть 3.Описание выборки
Мы включали или не включали последовательность в выборку
в соответствии с тем отвечает она даной стороке запроса или нет.
Например, строке запроса ((([uniprot-Species:Yersinia pestis*] |
[uniprot-Species:Haemophilus influenzae*]) | [uniprot-Species:esch*])
& (([uniprot-Description:Met*] & [uniprot-Description:repressor*]) |
[uniprot-Description:Met repressor*])) отвечало только 3 документа,
описывающий организм с такими свойствами.
|