Изучение структуры белка 5ZEQ

Структура в целом

Carboxypeptidase B in complex with DD28 - относится к классу гидролаз. Гидролазы - это класс ферментов, катализирующий гидролиз ковалентной связи. Фермент состоит из одной полипептидной цепи, которая не отличается от ассиметрической, и одна биологическая единица включает в себя одну цепь.

Рисунок 1. Общая структура белка 5ZEQ

Отдельные цепи

Данные Uniprot:
Organism(s): Sus scrofa (Каба́н)
Expression System: Sus scrofa (Каба́н)
Uniprot_id: P09955
Функции: Preferential release of a C-terminal lysine or arginine amino acid.

Вторичная структура белка представлена 11 α-спиралями и 8 β-тяжами. Согласно Uniprot в цепи нет мутаций. Также нет модифицированных аминокислот.

Рисунок 2. Красным обозначены α-спирали, желтым - β-тяжи, а розовым - ионы цинка
Рисунок 3. Данные Uniprot

Малые молекулы

В молекуле представлено три малые молекулы:
ZN - ZINC ION
CAC - CACODYLATE ION
9B3 - (2~{S})-2-[(6-azanyl-5-chloranyl-pyridin-3-yl)methyl]-3-selanyl-propanoic acid

Рисунок 4. Окружение лиганда CAC
Рисунок 5. Окружение лиганда 9B3
PDB о малых молекулах CAC и 9B3

Взаимодействия в молекуле

1. Водородные связи

В молекуле можно найти водородные связи, затрагивающие атомы остова и затрагивающие боковые радикалы аминокислот.

Рисунок 6. Водородные связи в боковых радикалах
Рисунок 7. Водородные связи в главном остове

2. Солевой мостик

В представленной молекуле также можно обнаружить такой тип связи как солевой мостик. Этот тип связи возникает между положительно заряженной частицей и отрицательно заряженной частицей. В данном случае это Asp-104 и Lys-59.

Рисунок 8. Солевой мостик

3. Стэкинг

В данной молекуле также можно увидеть такой тип связи как стэкинг. Стэкинг - такое расположению ароматических молекул, которое напоминает расположение монет в стопке и поддерживается ароматическими взаимодействиями.

Рисунок 9. Стэкинг

4. Дисульфидные мостики

В данной молекуле также можно увидеть такой тип связи как дисульфидные мостики.

Рисунок 10. Дисульфидный мостик

Каталитическая активность белка 5ZEQ.

Активный центр

EC белка - 3.4.17.2. Функция белка состоит в высвобождении C-концевой аминокислоты Lys или Arg.

Согласно данным PDB активный центр 5ZEQ состоит из одной аминокислоты - GLU-270.

Рисунок 11. Активный центр - GLU-270.

Взаимодействия активного центра с окружением

Некоторые взаимодействия были обнаружены между аминокислоттой GLU-270 (активным центром) и её окружением. Например, обнаружено взаимодействие с ионом цинка (Zn). Длина этого взаиможействия - 2,3 А.

Рисунок 12. Окружение GLU-270 на рсстоянии 5 ангстрем.
Рисунок 13. Взаимодействие активного центра с ионом цинка.

Также обнаружены другие взаимодействия.

Рисунок 14. Иные взаимодействия активного центра с окружением.

Расположение лиганда-ингибитора

Лиганд-ингибитор 9B3 расположен от активного центра на расстоянии ~3,5 ангстрем. Ингибиторы - это вещества, подавляющие или задерживающие течение физиологических и физико-химических процессов, путем изменения конформации молекулы белка или путём образования крепкой связи с активным центром, что другие молекулы не способны с ним связываться..

Рисунок 15. Расположение ингибитора 9B3.