Сравнение протеомов бактерий

Выбор протеомов

У Bermanella marisrubri был взят референсный протеом UP000004263. Возможно, хорошим вариантом для второго протеома будет протеом Chromohalobacter marismortui: UP000295380. Выбрала именно эту бактерию, так как она также обитает в местах с высокой солёностью, и для нее установлено, что она оксидаза-положительная. Хочется проверить является ли Bermanella marisrubri таковой (поэтому сравнение будет по оксидазам). К сожалению протеом не референсный, но у него хорошие показатели BUSCO.

Сравнение протеомов по данным Uniprot

С сайта Uniprot была взята информация:
Протеом Bermanella marisrubri:
ID: UP000004263
CPD: Standard
Number of entries: 3303
Swiss-Prot: 0

Рисунок 1. Информация BUSCO Bermanella marisrubri

Протеом Chromohalobacter marismortui:
ID: UP000295380
CPD: Standard
Number of entries: 3260
Swiss-Prot: 0

Рисунок 2. Информация BUSCO Chromohalobacter marismortui

Сравнение протеомов по белкам

Трансмембранные белки

Bermanella marisrubri: 39
Команда: zcat UP000004263.swiss.gz | grep 'KW ' | grep 'Transmembrane {' | sort -u | wc -l | less
Chromohalobacter marismortui: 34
Команда: zcat UP000295380.swiss.gz | grep 'KW ' | grep 'Transmembrane {' | sort -u | wc -l | less

Ферменты

Bermanella marisrubri: 11
Команда: zcat UP000004263.swiss.gz | grep 'KW ' | grep 'enzyme {' | sort -u | wc -l | less
Chromohalobacter marismortui: 9
Команда: zcat UP000295380.swiss.gz | grep 'KW ' | grep 'enzyme {' | sort -u | wc -l | less

Оксидазы

Bermanella marisrubri: 10
Команда: zcat UP000004263.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'oxidase {' | sort -u | wc -l | less
Chromohalobacter marismortui: 7
Команда: zcat UP000295380.swiss.gz | grep 'KW' | grep 'oxidase {' | sort -u | wc -l | less

Анализ сравнения

Как можно увидеть, у Bermanella marisrubri также есть оксидазы (а именно пероксидазы, это можно проверить, просто выведя строки с упоминанием ‘oxidase’ из файла), что может говорить, что она тоже оксидаза-положительная бактерия. Поискав информацию об оксидаза-положительных бактериях в интернете, я наткнулась на статью[1], в которой сказано, что активность оксидаз и каталаз оптимальна в очень солёной среде (с большой концентрацией NaCl), что подтверждает возможное наличие у Bermanella marisrubri оксидаз.

Литература

[1] Purification of a Catalase-Peroxidase from Halobacterium halobium: Characterization of Some Unique Properties of the Halophilic Enzyme.