|
|
Понятие о выравнивании Файл с выравниванием Файл с проектом (задания 1-4) Задание 1 Ниже приведены изображения выравниваний(отдельные участки), последовательности в которых отсортированны по сходству. Я посторила дерево методо объединения близких последовательностей с использованием BLOSUM62. На первом изображении используется раскраска BLOSUM62 с порогом консервативности 30, на втором ClustalX. Раскраска BLOSUM62
Раскраска ClustalX
Задание 2 В данном выравнивании я нашла 6 блоков, две пары из которых можно объединить в кластеры. На изображении блоки отмечены символом B, участок между блокаими, объединенными в кластер, отмечен символом C, самый длинный участок между блоками символом X. На рисунке 1 отмечен особый участки: на нем две нижних последовательности (EUBR3 и ROSHA) гомологичны между собой, но не гомологичны остальным последрвательностям. То, что отдельные остатки в этих последовательностях гомологичны подтверждается сходством этих двух последовательностей между собой, при отсутствии сходства с остальными. Рис.1 Задание 3 Для первого кластера в выравнивании:
Для участка, не вошедшего в блоки: число позиций, в которых присутствуют гэпы, - 9; процент от участка - 39,1% Задание 5 Проект с 5 заданием Добавила последовательность своего белка. Участок выравнивания с раскраской BLOSUM62 Score представден на рисунке ниже. Пришлось вставлять много гэпов, сходных мотивов практически не обнаружилось. Удалось найти:
Хотя некоторое количество совпадений и нашлось, консервативные колонки разбросаны по выравниванию и не образуют блоков. Гэпы стоят "некрасиво" - многие из них по 1-2 позиции, длинные гэпы не совпадают с таковыми в исходном выранивании. Это объясняется негомологичностью последовательностей. Задание 6 Из случайных белков с указанной страницы построила выравнивание(все, как указано в задании) - вырвнивание 2 В нем нашлось два блока, совсем небольших: Файл проекта с шестым заданием Объяснением такого "невезения" может служить то, что белки - это чрезвычайно специфичные структуры. Чтобы при построении выравнивания получился блок, данный участок всех использованых последовательностей белков должен выполнять одну и ту же функцию. А если использованные мной пять белков относились к разным функциональным классам, вероятность такого совпадения очень мала. |