|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Задание 1. Семейство гомологов моего белка
Задание 3. Толстое выравнивание Команда, которую я использовала: muscle -in seqdump.txt -out bigalign.fasta Задание 6. Сравнение выравниваний Проект Jalview со всеми выравниваниями По заданию 3 я построила большое выравнивание всех найденных пси-бластом последовательностей. В задании 4 я отобрала с помощью Jalview (функция Remove redundancy) 17 наиболее различных (но гомологичных) последовательностей, по заданию 5 посторила множественное выравнивание этих последовательностей с помощью программы mafft. В окошке Jalview с выравниванием task6 открыто выравнивание полученных двух выравниваний, выполненное с помощью программы muscle. Для сравнения двух выравниваний я стала искать похожие участки. Абсолютно идентичные участки, которые удалось найти: с 66 по 103, с 237 по 284, с 290 по 302, с 309 по 339 и с 353 по 385 позиции. Начиная с 389 позиции и до конца в выравниваниях происходит "разброд и шатание", они мало похожи. Видно, что в выравнивании mafft сильно отличаются от остальных последовательности Q9UTQ0.2, Q9Y7U9.1, P21269.1 и Q9P4S5.2 (например см участок 111 - 144 позиции). |