|
|
Задание 1. Seed Мой белок Поиск на сайте Pfam нашел 3 совпадения с моей последовательностью. В их числе присутствует Poly A polymerase head domain(домен поли(А)-полимеразы), характерный для семейства поли(А)- полимераз. Это семейство относится к суперсемейству нуклеотидилтрансфераз. Я сохранила seed выравнивание данного семейства. На рисунке ниже приведен фрагмент данного выравнивания, открытый в программе Jalview. Красным отмечен блок, используемый в следующих заданиях. Задание 2. Я выбрала блок со 128 по 139 позиции в выравнивании и сохранила его консенсусную последовательность(c помощью jalview). Консенсусная последовательность На сайте http://threeplusone.com/weblogo/ сделала LOGO: ![]() Задание 4. Для построения паттернов выбрала тот же блок, что и в задании 2. Сильный паттерн: D-[LA]-x-R-R-D-[LF]-T-[IVA]-N-[A]-[FIML] (нашлось 274 совпадения) Слабый паттерн: D-[LA]-x-[RE]-R-D-[AVLMIFCPWY]-[TSC]-[AVLMIFCPWY]-N-x-[AVLMIFCPWY] (нашлось 331 совпадение) На количество совпадений по каждому паттерну влияет длина блока(чем блок длиннее, тем меньше совпадений); точность, с которой задаются колонки; насколько специфична данная структура в белке (можно предположить, что чем менее структура специфична, тем больше совпадений получится). Для сильного паттерна я старалась максимально жестко задать условия, но в одной колонке сложно было выделить функциональную зависимость, поэтому там стоит x. При построении слабого паттерна я расширила группы допустимых аминокислот до всех гидрофобных для колонок, в которых стоит только несколько алифатических неполярных аминокислот. В одной из колонок, где опять таки сложно было выделить функциональную группу, я разрешила постановку любой аминокислоты. Разница в количестве найденных последовательностей по слабому и сильному паттерну не очень велика, вероятно, из-за того, что основным отличием между паттернами стали допустимые гидрофобные аминокислоты. Самые часто встречающиеся остатки из этой группы были перечисленны и в сильном паттерне, а разрешение на попадание в колонку, например, триптофана вряд ли добавит много последовательностей в список совпадений. |