|
|
||
Заключение о водородных связях между белком и ДНК Данный белок YvoA регулирует транскрипцию ДНК. Информационная молекула и белок соединяются 24 водородными связями, эти связи нужны для удержания белка возле молекулы, чтобы он был првильно расположен в пространстве и корректно выполнял свою функию. Связи не слишком крепкие, фермент может образовывать и разрывать их относительно легко. Комментарии про подвижность белка В pdb-файл по моему белку (human Beta-defensins 2) не внесена информация про спирали и тяжи. Я обнаружила два тяжа на нескольких моделях из двадцати, но они очень короткие, в них был только однин достаточно большой аминокислотный остаток [LYS]39:A, движение которого я отразила в отчете выше (см. вывод Jmol'a). Получается, что данный белок представляет собой практически одну большую петлю, поэтому у меня не было возможности идти строго по заданию. Чтобы выбрать, движение каких атомов отразить в отчете, я раскрашивала отдельные куски петли и следила за изменением их положения. Наиболшие движения наблюдались на одном из центральных участков (в отчете показано на примере [ARG]14:A), и на концах петли ([ILE]2:A и [LYS]43:A). В целом можно сказать, что достаточно подвижен активный центр белка, ведь именно он несет на себе основную функциональную нагрузку. Подвижность концов петли можно объяснить, например, тем, что белок представлят из себя относительно жестко фиксированную структуру, и маленькие изменения положения атомов в центре как бы раскручивают концы. © Шугаева Т.Е. 2014
|