Упражнения
- Код референсного протеома бактерии Brucella abortus: UP000002719
- Белки систем секреции в референсном протеоме B.abortus: 14
- Белки систем секреции в референсном протеоме B.abortus,
кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные: 13
- Белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus: 1
- Статья Блюменталя. Запрос: Blumenthal AND Title:Trans-splicing and operons in C. elegans
Число находок: 1 (точный запрос). PMID статьи: 23175478
- Список статей, в которых цитируется данная: таблица
- Список структур бактериальных белков из систем секреции типа IV: таблица. Запрос
был сделан с помощью улучшенного поиска(Taxonomy - Bacteria, Structure description - type IV secretion system)
Обязательное задание
Тема 1. Белки содержащие селеноцистеин.
UniProt
В файле информация о наличии селеноцистеина находится в поле feature table, ключ - NON_STD.
В соответствии с этим я составила первый запрос:
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes
В результате я получила 254 записи. Еще я порпобовала найти все необходимые белки по ключевому слову
'selenocysteine':
keyword:selenocysteine AND reviewed:yes
Было выдано 255 записей. Я сделала запрос, чтобы узнать, что это за лишний белок
(keyword:selenocysteine NOT annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes), посмотрела
запись
и выяснила, что в последовательности аминокислот данного белка селеноцистеина нет,
Однако в статье, на которую дается ссылка в записи по данному белку, изучается эта аминокислота.
Верояно поэтому селеноцистеин содержится в ключевых словах. В итоге, я остановилась на первой формулировке запроса:
annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes
Таблица белков
Организмы, для которых характерны данные белки, содаржатся и среди эукариот, и среди бактерий, и среди эвриархеот.
Один белок даже относится к вирусу контагиозного моллюска (детская вирусная инфекция, поражает кожу и слизистые оболочки).
PDB
В pdb нашлось 34 структуры (использовала Advanced search, Chemical ID: SEC and Polymeric type is Any).
Таблица по структурам
(Строк больше 34 из-за наличия нескольких цепей в одной структуре).
PubMed
Чтобы исключить из списка статьи про переносящую селеноцистеин тРНК, я сформулировала запрос таким образом:
"selenocysteine" not "selenocysteine trna", с учетом фильтров review и free full text.
Таблица статей, касающихся селеноцистеина.
Селеноцистеину соответствует кодон UGA(Tут написано).
Белки, содержащие эту аминокислоту, называются селенопротеины (selenoproteins).
|