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.

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.

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.

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.

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.

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.

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.

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.

agtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

agtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

4,4191

.

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.

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.

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.

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.

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.

G

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.

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.

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.

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.

G

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.

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.

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GT:PL

0/1:31,3,0

chr21

45354316

.

C

T

10,4247

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9905

GT:PL

1/1:40,3,0

chr21

45354744

.

G

A

8,64911

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9908

GT:PL

1/1:38,3,0

chr21

45356073

.

T

G

7,79993

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.991

GT:PL

1/1:37,3,0

chr21

45356183

.

A

G

4,77219

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9923

GT:PL

0/1:33,3,0

chr21

45356761

.

C

A

5,46383

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9918

GT:PL

1/1:34,3,0

chr21

45360045

.

G

A

133,008

.

DP=20;VDB=0.792905;SGB=-0.680642;RPB=0.651439;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.988166;MQ0F=0;AF1=0.5;AC1=1;DP4=7,1,12,0;MQ=60;FQ=124.684;PV4=0.4,1,1,1

GT:PL

0/1:163,0,152

chr21

45364210

.

G

C

5,46383

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9918

GT:PL

1/1:34,3,0

chr21

45373020

.

A

G

4,77219

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9923

GT:PL

0/1:33,3,0

chr21

45373499

.

G

C

11,3429

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9904

GT:PL

1/1:41,3,0

chr21

45373938

.

G

T

9,52546

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9906

GT:PL

1/1:39,3,0

chr21

45374071

.

C

T

11,3429

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9904

GT:PL

1/1:41,3,0

chr21

45376207

.

A

G

4,77219

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9923

GT:PL

0/1:33,3,0

chr21

45378552

.

A

G

53,9722

.

DP=3;VDB=0.88811;SGB=-0.511536;MQSB=1;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,2;MQ=60;FQ=-35.9869

GT:PL

1/1:86,9,0

chr21

45378607

.

G

C

3,0136

.

DP=3;SGB=-0.379885;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;AF1=0.499751;AC1=1;DP4=1,1,0,1;MQ=51;FQ=4.76267;PV4=1,1,1,1

GT:PL

0/1:30,0,54

chr21

45378631

.

agtgtgt

aGTgtgtgt

21,5018

.

INDEL;IDV=1;IMF=0.5;DP=2;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-37.5258

GT:PL

1/1:59,3,0

chr21

45378884

.

A

G

6,97853

.

DP=9;VDB=0.0983484;SGB=-0.511536;RPB=0.574341;MQB=0.28717;MQSB=0.25;BQB=0.861511;MQ0F=0.111111;AF1=0.499937;AC1=1;DP4=0,3,2,1;MQ=45;FQ=9.52325;PV4=0.4,1,0.00537979,0.00965728

GT:PL

0/1:36,0,65

chr21

45378961

.

tgtggtg

tgtg

200,468

.

INDEL;IDV=12;IMF=0.413793;DP=29;VDB=0.293258;SGB=-0.651104;MQSB=0.446729;MQ0F=0.0344828;AF1=0.5;AC1=1;DP4=12,3,4,4;MQ=47;FQ=203.392;PV4=0.181896,0.0873398,1,1

GT:PL

0/1:238,0,255

chr21

45378963

.

T

C

173,211

.

DP=17;VDB=2.11246e-08;SGB=-0.689466;RPB=1;MQB=1;MQSB=0.90252;BQB=1;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,1,13,3;MQ=44;FQ=-42.9861;PV4=0.235294,0.488388,0.157449,0.121534

GT:PL

1/1:206,16,0

chr21

45379795

.

G

A

21,0411

.

DP=16;VDB=0.392388;SGB=-0.511536;RPB=0.959189;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.91051;MQ0F=0;AF1=0.499998;AC1=1;DP4=1,11,0,3;MQ=60;FQ=24.0321;PV4=1,1,1,1

GT:PL

0/1:51,0,194

chr21

45381944

.

C

T

4,13164

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=32;FQ=-29.9928

GT:PL

0/1:32,3,0

chr21

45385041

.

G

T

3,0136

.

DP=3;SGB=-0.379885;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;AF1=0.49975;AC1=1;DP4=2,0,1,0;MQ=60;FQ=4.77272;PV4=1,1,1,1

GT:PL

0/1:30,0,63

chr21

45389261

.

A

G

98,0078

.

DP=15;VDB=0.246072;SGB=-0.636426;RPB=0.753577;MQB=1;BQB=0.898397;MQ0F=0;AF1=0.5;AC1=1;DP4=0,8,0,7;MQ=60;FQ=99.2516;PV4=1,1,1,1

GT:PL

0/1:128,0,131

chr21

45389348

.

T

C

7,79993

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.991

GT:PL

1/1:37,3,0

chr21

45391752

.

T

C

41,7648

.

DP=2;VDB=0.22;SGB=-0.453602;MQSB=1;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60;FQ=-32.988

GT:PL

1/1:73,6,0

chr21

45392846

.

A

G

11,3429

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9904

GT:PL

1/1:41,3,0

chr21

45393034

.

C

T

11,3429

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60;FQ=-29.9904

GT:PL

1/1:41,3,0

chr21

45397335

.

C

G

3,54557

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9935

GT:PL

0/1:31,3,0

chr21

45397408

.

CTGTGT

CTGT

3,24936

.

INDEL;IDV=1;IMF=0.25;DP=4;VDB=0.27062;SGB=-0.379885;MQSB=1;MQ0F=0;AF1=0.49996;AC1=1;DP4=2,1,0,1;MQ=60;FQ=5.08687;PV4=1,0.413276,1,1

GT:PL

0/1:38,0,140

chr21

45400664

.

G

T

6,19886

.

DP=2;SGB=-0.379885;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;AF1=0.5;AC1=1;DP4=1,0,1,0;MQ=60;FQ=6.19669;PV4=1,1,1,1

GT:PL

0/1:35,0,35

chr21

45404338

.

A

G

11,3381

.

DP=10;VDB=0.02;SGB=-0.453602;RPB=0.25;MQB=1;BQB=0.9375;MQ0F=0;AF1=0.49998;AC1=1;DP4=8,0,2,0;MQ=60;FQ=14.1838;PV4=1,1,1,0.0142423

GT:PL

0/1:41,0,150

chr21

45406095

.

C

G

9,52546

.

DP=1;SGB=-0.379885;MQ0F=0;AF1=1;AC1=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60;FQ=-29.9906

GT:PL

1/1:39,3,0

chr21

45406878

.

C

T

64,0073

.

DP=8;VDB=0.275912;SGB=-0.556411;RPB=0.868321;MQB=0.992367;BQB=0.372138;MQ0F=0;AF1=0.5;AC1=1;DP4=0,4,0,4;MQ=60;FQ=53.803;PV4=1,1,1,1

GT:PL

0/1:94,0,81