Справка по скрипту
 a - аденин
 g - гуанин
 t - тимин
 c - ситозин
 b - больая бороздка
 m - малая бороздка
 p - полярные атомы
 u - неполярные атомы


 Полярные дезоксирибоза:
 select set1 and within(3.5, prot_polar)
 Неполярные:
 select deso_unp and within(4.5, prot_unp)
 Полярные фосфорной кислоты:
 select set2 and within(3.5, prot_polar)
 Неполярные:
 select acid_unp and within(4.5, prot_unp)
 Полярные большой бороздки:
 select b_p and within(3.5, prot_polar)
 Неполярные:
 select b_u and within(4.5, prot_unp)
 Полярные малой бороздки:
 select m_p and within(3.5, prot_polar)
 Неполярные:
 select m_u and within(4.5, prot_unp)

Скрипт определения множеств:
define set1 D*:*.O?' and dna
define set2 *:*.OP? and dna
define set3 *:*.N? and dna
define prot_polar (not water and (*:A.O? or *:A.N?) and protein) 
define prot_unp (*:*.C? or *:*.P? or *:*.S?) and not dna  
define deso_unp *:*.C?' and dna
define acid_unp *:*.P and dna

define a_b_p DA*:*.N6 or DA*:*.N7
define a_b_u DA*:*.C8 or DA*:*.C5 or DA*:*.C6
define a_m_p DA*:*.N3 or DA*:*.N9
define a_m_u DA*:*.C4 or DA*:*.C2

define g_b_p DG*:*.O6 or DG*:*.N7
define g_b_u DG*:*.C8 or DG*:*.C5 or DG*:*.C6
define g_m_p DG*:*.N3 or DG*:*.N9 or DG*:*.N2
define g_m_u DG*:*.C4 or DG*:*.C2

define t_b_p DT*:*.O4
define t_b_u DT*:*.C4 or DT*:*.C5 or DT*:*.C6 or DT*:*.C7
define t_m_p DT*:*.O2 
define t_m_u DT*:*.C2

define c_b_p DC*:*.O4
define c_b_u DC*:*.C4 or DC*:*.C5 or DC*:*.C6
define c_m_p DC*:*.N4
define c_m_u DC*:*.C2

define b_p (a_b_p or g_b_p or c_b_p or t_b_p)
define b_u (a_b_u or g_b_u or c_b_u or t_b_u)
define m_p (a_m_p or g_m_p or c_m_p or t_m_p)
define m_u (a_m_u or g_m_u or c_m_u or t_m_u)