|
|
Занятие 3. Укоренение и бутстрэп. Укоренение в среднюю точку С помощью программы retree из пакета PHYLIP я переукоренила дерево, полученное в программе JalView методом Neighbor-Joining using % identity(Рис.1) Рис.1 Дерево, переукорененное в среднюю точку Видно, что дерево осталось таким же, как и было после построения JalView(второй практикум, коллоквиум). Укоренение произошло в ветвь (RHIEC, RHOS4) против (VIBCH, PASMU, PROMH, YERPS, ECOLI, SALTY). Учитывая, что оно совпало с "каноническим", считать его правильным можно, хотя сам по себе метод укоренения в среднюю точку предполагает наличие молекулярных часов, а метод Neighbor-Joining их не использует. Использование внешней группы Дерево, построенное методом максимальной экономии невозможно укоренить в среднюю точку, так как данный метод длины ветвей не реконструирует. Поэтому мы пользуемся укоренением с помощью внешней группы. Для реконструкции используем белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU). Выравнивание последовательностей с добавленной последовательностью проводилось программой Muscle с базовыми настройками. В итоге было получено изображение дерева(Рис.2) Рис.2 Дерево, укорененное с использованием внешней группы Бутстрэп |