|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Занятие 8. Gene Ontology. Отнесение белка HDIG domain-containing protein из Sorangium cellulosum So ce 56 к терминам GO С помоью поиска Blast я обнаружила в GO белок, наиболее похожий на мой(Cca) - Poly A polymerase(Q7D4M2). Он принадлежит организму Mycobacterium tuberculosis, который, в отличие от "моей" бактерии Sorangium cellulosum, принадлежит типу Актинобактерии(мой сорангиум относится к типу Протеобактерии). Различие в типе - это значительное различие. Mycobacterium tuberculosis грамположительная, является патогеном, способна вызывать у человека и животных туберкулез, в то время как Sorangium - грамотрицательная, мирная, живущая в почве бактерия. Хотя организмы очень разные, e-value у моей находки хороший - 2.7е-45, выравнивание выглядит приемлемо, идентичные позиции составляют 34%. Функцией как моего белка, так и найденного, является присоединение последовательности CCA на 3'-конец молекулы тРНК. Эта реакция может проводиться похожими белками в бактериях разных типов. Это не один и тот же белок, но я считаю возможным отнесение терминов GO с найденного белка к моему. В таблице 1 привожу термины GO, отнесенные к найденному белку(Q7D4M2) из Mycobacterium tuberculosis.
В таблице 2 приведено описание типов достоверности, упомянутых в таблице 1.
Описание термина GO:0005618 (cell wall, клеточная стенка) Для описания я выбрала термин GO:0005618 (cell wall, клеточная стенка) - страничка с описанием термина. Информация по данному термину приведена в Таблице 3.
Рисунок 1 иллюстрирует типы взаимоотношений среди родителей данного термина. ![]() Рисунок 1. Схема отношений термина cell wall с родителями. Черными стрелками обозначены отношения типа "is a", синими стрелками - типа "part of". В правом верхнем углу приведена расшифровка всех возможных стрелочек на рисунке, в правом нижнем углу указаны организмы, для которых определены эти термины. Видно, что на рисунке присутствуют отношения типов "is a" и "part of". Тип отношения "is a" от объекта 1 к объекту 2 обозначает, что множество объектов 1 входит во множество объектов 2. В данном случае, например, клеточная стенка полностью подходит под определение наружной инкапсулирующей структуры, однако не всякая наружная инкапсулирующая структура является клеточной стенкой. Тип отношения "part of" от объекта 1 к объекту 2 означает, что объект 1 является обязательным подмножеством объектов 2, но множества объектов 1 и 2 не совпадают. Так на рисунке 3 наружные инкапсулирующие структуры относятся ко множеству объектов клеточной периферии, и инкапсулирующие структуры - это необходимая часть клеточной периферии, однако мы не можем сказать, что клеточная периферия состоит только из наружных инкапсулирующих структур. Приведенная на рисунке 3 схема не дала мне никакой новой биологической информации, все термины мне были знакомы, связи между ними достаточно очевидны. Однако я считаю, что структурирование терминологии - дело очень нужное и важное. |