|
|
Сравнение водородных связей в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСАНа сайте PDB есть страница, где приведен список структур, полученных разными методами. Я выбрала структуры лизоцима 1E8L (метод ЯМР) и 132L (метод РСА, разрешение 1,8 Å). Структура ЯМР содержит 50 моделей, между результатами ЯМР и РСА есть большое сходство (рисунок 1) ![]() Рисунок 1. Структурное выравнивание моделей ЯМР (серый) и модели РСА (красный) Первая водородная связь, которую я выбрала для рассмотрения, образуется между азотом и его водородом (Val 99) и атомом кислорода (Ala 95) - рисунки 2 и 3. Эти атомы находятся в альфа-спирали, близкой к центру белка. Белок небольшой, поэтому выделить оформленное ядро в нем сложно. ![]() Рисунок 2. Водородная связь между атомами остова в альфа-спирали (Val 99:N и Ala 95:O) в структуре, полученной методом РСА ![]() Рисунок 3. Водородная связь между атомами остова в альфа-спирали (Val 99:N и Ala 95:O) в моделях, полученных методом ЯМР Вторя связь образована атомами боковых цепей: азотом Trp 111 и кислородом Asn 27 (рисунки 4 и 5,расстояния на рисунках показаны между атомом водорода и акцептором). Всего в 3 структурах из 50 в файле ЯМР присутствует водородная связь - это объясняется тем, что, во-первых, в большинстве структур аспарагин развернут к триптофану другой стороной боковой цепи. Во-вторых, многие развернутые верно атомы аспарагина стоят все-таки слишком далеко от триптофана. ![]() Рисунок 4. Водородная связь между атомами боковых цепей (Trp 111:N и Asn 95:O) в структуре, полученной методом РСА ![]() Рисунок 5. Водородная связь между атомами боковых (Trp 111:N и Asn 95:O) в моделях, полученных методом ЯМР Наконец, мне бы хотелось рассмотреть водородную связь в петлевом, периферическом участке лизоцима. Таковая нашлась между азотом 49 глицина и кислородом 46 аспарагина. Во всех ЯМР моделях эти остатки расположены гораздо дальше друг от друга, чем в модели РСА. Всего две модели отразили связь с расстоянием меду атомами =3.5 Å. ![]() Рисунок 6. Водородная связь между атомами на периферии белка (Gly 49:N и Asn 46:O) в структуре, полученной методом РСА ![]() Рисунок 7. Водородная связь между атомами на периферии белка (Gly 49:N и Asn 46:O) в моделях, полученных методом ЯМР Суммарная статистика по трем связям приведена в таблице 1. |