|
|
Гидрофобные кластерыВ первой чати практикума необходимо было с помощью сервиса CluD проанализировать устройство гидрофобных кластеров в составе белка. Я выбрала человеческий альбумин 6EZQ. Структура белка показана на рисунке 1. Белок функционирует в растворе в виде мономера. Рисунок 1. Структура альбумина 6EZQ, раскраска градиентом цветов от С-конца к N-концу. Я запсускала сервис CluD с разными значениями параметров. Получаемые кластеры изображены на рисунке 2. При установке порога расстояния, равного 7, в белке распощнается 1 большой кластер. При пороге расстояния = 6 появляется несколько маленьких на периферии белка. При пороге = 4.5 появяются 3 крупных кластера, которые, как кажется, вполне соответствуюи и чисто визуальному разделению белка на домены. Рисунок 2. Слева: порог расстояния = 7; синим отмечен один большой кластер, белок раскрашен градиентом от С-конца к N-концу. В центре: порог расстояния = 6; светло-синим раскрашен наибольший кластер, яркими цветами отмечены маленькие кластеры. Справа: порог расстояния = 4.5; с картинки удалены маленькие кластеры, оттенками красного и сиреневым отмечены три крупных кластера Мне кажется, именно при пороге 4.5 (рисунок 2, справа) гидрофобные кластеры наиболее точно описывают устройство альбумина. Гидрофобные кластеры в комплексе ДНК-белок Теперь интересно было бы взглянуть на гидрофобные кластеры в ДНК-белковом комплексе. Я выбрала комплекс ДНК-полимеразы beta 1BPX. При установлении порога расстояния = 7 ДНК и белок объединились в один большой кластер, что заведомо неверно, поэтому этот результат не стоит рассматривать. При пороге = 6 в ДНК выделяется в отдельный кластер, в белке, как и в структуре альбумина, определяется один большой кластер и несколько маленьких на периферии. При пороге = 4.5 получается картина, наиболее сходная с визуальным разделением белка на домены: обнаруживается 5 кластеров среднего размера. Визуальное отображение результата представлено на рисунке 3. Рисунок 2. Слева: порог расстояния = 6; светло-синим отмечен один большой кластер, красным кластер в ДНК, темно-синим небольшие периферические кластеры. Справа: порог расстояния = 4.5; с картинки удалены маленькие кластеры, оттенками красного и сиреневого отмечены пять крупных кластеров Из полученных данных можно заключить, что для белков размером около 65 кДа гидрофбные кластеры, определяемые программой CluD, наиболее точно совпадают с визуальной оценкой при пороге расстояния около 4.5. |