|
|
Поиск и анализ поверхностей в PyMolС помощью Andvanced search в PDB я нашла структуря ЯМР, содержащие 2 цепи и от 10 до 50 моделей. Мне приглянулась структура фрагмента РНК-связывающего белка 2M9K. В ней содержится 2 цепи, число моделей равно 15 (рисунок 1). Рисунок 1. ЯМР-структура 2M9K. Зеленым выделена цепь А, голубым - цепь В Далее в программе PyMol я построила молекулярную поверхность вокруг структуры (рисунок 2). Рисунок 2. Поверхность вокруг структуры, изображенной с помощью cartoon Далее мне пришлось разделить ЯМР-модели в PyMol'е так, чтобы каждая отображалась отдельным объектом (команды: unset all_states; split_states). Для каждой модели была посчитана площадь молекулярной поверхности (команды: set dot_solvent, off; get_area (модель) ) и площадь, доступная для растворителя (команды: set dot_solvent, on; get_area (модель) ). Результаты представлены на рисунках 3 - 4. Рисунок 3. График площади поверхности от номера структуры Рисунок 4. График площади поверхности, доступной для растворителя, от номера структуры Видно, что площадь, доступная для растворителя примерно в два раза меньше площади молекулярной поверхности, и есть модели, где эти площади заметно отличаются от остальных. График на рисунке 5 демонстрирует, что увеличение площади моелкулярной поверхности ведет к увеличению площади, доступной для растворителя. Рисунок 5. Зависимость площади поверхности, доступной для растворителя, от молекулярной площади поверххности Наконец, давайте взглянем на поверхность контакта двух цепей. Выбрать соответствующие группы остатков мне помогли команды аналогичные select byres (chain A and (chain B around 3.5)) Сначала я построила поверхность, не выделяя отвечающие за контакт остатки в отдельные объекты (рисунок 6), потом выделила командой extract и построила поверхность заново (рисунок 7). Видно, что в первом случае поверхность как бы порванная по краям, а во втором гладкая, без разрывов. Это значит, что PyMol при построении поверхности использует не только выделенное множество атомов, а весь объект целиком. Рисунок 6. Поверхность контакта между цепями, атомы не выделены в отдельный объект. Зеленвм обозначен участок контакта в цепи А, синим - в цепи B. Рисунок 7. Поверхность контакта между цепями, атомы выделены в отдельный объект. Зеленвм обозначен участок контакта в цепи А, синим - в цепи B. |