Практикум 10: макромолекулярный докинг

Оформление: 10.05.2018

1. Для начала я задала путь к zdock:

   1772  export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
   1773  export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
   

2. Далее я скачала файлы amilase.pdb и camelid.pdb и добавила к ним водороды с помощью программы pdb2gmx:

   1788  pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
   1773  pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
   

3. Провела препроцессинг утилитой marksur. Программа вставляет в pdb-файл дополнительные колонки: вероятно, заряд и радиус атома.

   1998  mark_sur amylase_h.pdb amylase_h_m.pdb
   1999  mark_sur camelid_h.pdb camelid_h_m.pdb
   

4. Вручную удалила строки MODEL и TER из полученных pdb-файлов.

5. Запустила докинг командой (работает несколько минут):

   zdock -N 1000 -R amylase_h_m.pdb -L camelid_h_m.pdb
   

6. В файле zdock.out.cp.zr.out записана характеристика всех полученных структур. Небольшой командой можно получить топ-10 из них:

%%bash
! sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head

595	-29.9713
455	-17.2023
474	-15.7477
883	-15.6279
737	-13.1192
254	-10.2176
289	-10.8844
439	-8.42567
903	-8.81583
996	-8.53973

Посмотрим на лучшую структуру complex.595.pdb: Cтруктура complex.455.pdb: Cтруктура complex.474.pdb: Cтруктура complex.883.pdb: Cтруктура complex.737.pdb:

Розовым здесь отмечена референсная структура 1kxt.pdb, зеленым - результат докинга.

Видно, что лучшая структура, полученная в результатае докинга, довольно похожа на референсную.