Практикум № 6
Описание субъединицы А трансферазы глютаконата-КоА из генома бактерии Acidaminococcus fermentans DSM 20731.
Цель этого практикума-создать HTML-страничку белка: описать его свойства и геномное окружение.
Информация о выданном белке
Информация о предложенном белке была получена с сайтов NCBI и Uniprot. Данные приведены в таблице 1.
| Идентификатор белка | ADB48173.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP001859.1 |
| Название белка | Glutaconate CoA-transferase subunit A |
| Координаты гена в геноме | 2019003..2019965 |
| Длина гена (п.н.) | 963 |
| Цепь | Обратная |
| Длина белка (а.о.) | 320 |
На сайте NCBI я нашла информацию о последовательности белка по его идентификатору. Вы можете скачать файл в формате fasta c полученной последовательностью белка.
Данный фермент катализирует перенос фрагмента КоА от ацетил-КоА к (Р)-2-гидроксиглютарату и другим соединениям, таким как глютаконат.
Геномное окружение белка
На сайте NCBI, используя координаты гена, я нашла интересующую меня область генома. Затем я включила режим просмотра рамок считывания (Six frames translation). Информация о геномном окружении приведена на рис. 1
Из рисунка 1 можно заметить, что ген, кодирующий белок ADB48173.1, соседствует с геном белка ADB48172.1.
Выполнять этот практикум было очень увлекательно! Столько эмоций получаешь, когда удается все сделать!