Визуализация молекулы 1mnk(сationic trypsin in complex with benzylamine)

Скачать скрипт


Start
Resume

Таблица 1.Водородные связи во вторичной структуре молекулы 5mnk

#

Атомы

Длина связи (в ангстремах)

Угол N-O-C (в градусах)

Альфа-спираль

1 N(169LYS)-O(165ASP) 2.91 158.7
2 N(168CYS)-O(164SER) 2.94 161.1
3 N(172TYR)-O(168CYS) 3.06 155.9
4 N(170SER)-O(166SER) 2.89 148.9

Бета-складчатый слой

5 N(226GLY)-O(183ALA) 3.44 162.1
6 N(228TYR)-O(181PHE) 2.79 164.6
7 N(181PHE)-O(228TYR) 2.93 154.7

Выводы

По измерениям длины водородных связей в ангстремах между атомами N и O и углов NOC в градусах, приведенных в таблице 1, оказалось, что полученные данные согласуются с теоретическими. Средняя длина водородной связи в альфа-спирали равна 2.95 ангстрем, что близко к длине в бета-тяже-3.05 ангстрем. Это согласуется с известными данными о том, что расстояние от донора водородной связи до акцептора лежит в пределе от 2.5 до 3.5 ангстрем, но несколько превышает теоретическую среднюю длину 2.89-2.91. Стоит отметить, что чем больше длина, тем слабее водородная связь. Средний угол NOC в альфа-спирали составляет 156.15, а в бета-тяже несколько больше -160.5, но оба эти значения близки к среднестатистическому теоретическому углу(160). Поэтому, несмотря на маленькую выборку, можно сказать, что приведенные измерения не противоречат теоретическим данным

Литература

http://proteopedia.org/wiki/index.php/Hydrogen_bonds

https://academic.oup.com/peds/article/15/5/359/1508259