Геномные браузеры

Задание 1. UCSC

Выбранный белок - алкогольдегидрогеназа. Белки семейства алкогольдегидрогеназ имеют широкий спектр субстратов: от этанола и ретинола до продуктов окисления липидов перекисью. Белок образует гомодимер (димер, состоящий из двух идентичных полипептидных цепей). Ферменты класса 3 являются важными компонентами клеточного метаболизма, уничтожающего формальдегид и являются высоко консервативными. В большом количестве обнаруживается в печени, но найти можно и в почках.

Задание 2. Ensembl

С сайта Ensembl было получено выравнивание белка человека и шиманзе. Скачать его можно здесь. Далее командой infoalign alignment10.fasta -heading output.txt был получен файл со всей необходимой информацией, которая представлена в таблице 2. Процент различий равен 151/17877*100=0,844%, что согласуется с данными (число различий до 4%).