GO-String

GO Enrichment Analysis

1) Для выполнения задания использовались 31 ID из файла list36.txt.

2) В обогащении учавствовали все 31 ID, 4 ID соответствовало несколько объектов из-за некоторых несоответствий баз данных.

3) В выдаче оказалось 106 GO terms, остальные не прошли по порогу P-value.

4) Самые значимые по P-value GO terms: pentose-phosphate shunt (GO:0006098); NADPH regeneration (GO:0006740); glucose 6-phosphate metabolic process (GO:0051156); NADP metabolic process (GO:0006739); monosaccharide metabolic process (GO:0005996); carbohydrate metabolic process (GO:0005975); organophosphate metabolic process (GO:0019637); carbohydrate derivative metabolic process (GO:1901135); generation of precursor metabolites and energy (GO:0006091); oxidation-reduction process (GO:0055114).

5) Первые пять GO terms были визуализированы на графе. Полученный граф можно увидеть на рисунке 1.

6) Как видно из графа, четыре самые значимые находки являются участниками метаболизма НАДФ. Особняком стоит пятая находка, учавствующая в метаболизме углеводов и других небольших молекул. Все линии на графе являются связями принадлежности, то есть один процесс является частью другого.

7) Это участники метаболических процессов (GO:0008152).

String

2) Из 31 узла наличие 3D структур показано для 29 узлов, нет ее у ST20 и SHPK.

3) Между узлами графа вообще нет связей, соединяющих генов-соседей (даже после нескольких нажатий кнопки more), одна пара слитых генов - PGD-PGLS. Все остальные взаимоотношения присутствуют, многочисленнее всего взаимодействия, основанные на базах данных.

4) Можно сказать, что гены высоко консервативны в группе Opisthokonta и встречаются у немалого числа других организмов из разных таксонов. Интересен белок BRE, который не встречается у бактерий и архей и, видимо, впервые появился именно у эукариот. Белок ST20 вообще впервые появляется лишь у Opisthokonta, тогда как белки PRPS1 и PRPS1L1 (катализируют синтез фосфорибозилпирофосфата, необходимого для синтеза нуклеотидов) не встречаются только у бактерии Nitrospina sp.

5) Хотя совместная экспрессия этого набора генов у человека довольно-таки выражена, у других организмов она намного выше. С большой уверенностью можно сказать, что у человека гены TKT, PGD и TALDO1 совместно экспрессируются. У других организмов это почти 100 % вероятность. По правой таблице можно выделить гены ST20, BRE и SAT2, которые точно ни с кем из данного списка совместно не экспрессируются.