Pymol
Целью данного практикум было нахождение и представление связей между субстратом и белком на примере структуры из банка данных RCSB PDB 5zbh, относящейся к рецепторам нейропептида Y человека, в программе Pymol.
Нейропептиды - это огромный класс биологически активных веществ, преимущественно синтезирующихся в нервной ткани, но выполняющих различные функции: от регуляции обмена веществ до участия в иммунных процессах. Нейропептид Y, состоящий из 36 аминокислотных остатков, - это самый распространенный пептид центральной нервной системы млекопитающих. Рецепторы, связывающие данный нейропептид, принадлежат к бета-ветви cуперсемейства белков, связывающих G-белки и имеющих семь пронизывающих мембрану альфа-спиралей. У млекопитающих различают четыре основных типа рецепторов (Y1, Y2, Y4, Y5) нейропептида Y, отличающихся селективностью и сродством к субстрату. В данной работе изучался рецептор Y1, который в наибольших количествах экспрессируется в зубчатой извилине гиппокампа и других областях мозга. Этот тип рецепторов также играет важную роль в потреблении пищи, так как действие нейропептида Y как мощного стимулятора приема пищи происходит через данный тип рецепторов. Для изучения взаимодействия рецептора Y1 с субстратом в качестве последнего был взят селективный антагонист BMS-193885.
На рисунке 1 видно, что взаимодействиe с субстратом происходит благодаря пи-стекингу и водородным связям.