Параметры водородных связей между остовными атомами в α-спиралях:
Параметры водородных связей между остовными атомами в β-тяжах
N(010PRO)-O(014SER)
h=2,45 A
угол N-H-O=162,1
N(011GLU)-O(015LEU)
h=2,08 A
угол N-H-O=160,6
N(013ARG)-O(017ALA)
h=2,21 A
угол N-H-O=160,1
N(103TYR)-O(077PHE)
h=2,1 A
угол N-H-O=162,1
N(101ARG)-O(077PHE)
h=2,02 A
угол N-H-O=162,5
N(101ARG)-O(075LEU)
h=2,02 A
угол N-H-O=155,4
Функции рассматриваемого белка
Сульфотрансфераза - это фермент трансфераза, который действует на атомы серы.
Например,
Цитоплазматические cульфотрансферазы катализируют реакцию конъюгации, в ходе которой остаток серной кислоты (-SO3H) от 3'-фосфоаденозин-5'-фосфосульфата (ФАФС) присоединяется к фенолам, спиртам или аминокислотам Реакция с участием сульфотрансферазы в общем виде записывается так:
ROH + ФАФ-SO3H = RO-SO3H + ФАФ.
Ферменты сульфотрансферазы и УДФ-глюкуронилтрансферазы участвуют в обезвреживании ксенобиотиков, инактивации лекарств и эндогенных биологически активных соединений.
Общие выводы
В результате обрабатывания следующих данных: длина связи (N-O) и размер угла (N-H-O) водородных связей были выявлены следующие закономерности. Во первых,
средняя длина водородной связи α-спиралях данного белка составляет 2,25 Å, в бета-тяжах – 2,04 Å. Средний угол: альфа-спирали - 160,9°, бета-тяжи – 160°.
Средняя длина водородных связей этих вторичных структур близка к средним для всех белков 3 Å, к тому же, все связи прочны
("strong, mostly covalent" - "moderate, mostly electrostatic", [1]) Надо заметить, что в бета-тяжах водородные связи короче, чем в альфа-спиралях,следовательно, они прочнее.
По рекомендациям ИЮПАК, для них оптимальная величина угла N-H-O - 180± 45º.Мои измерения попадают в этот диапазон величин.
Используемые источники информации:
1)Jeffrey, George A., An introduction to hydrogen bonding, Oxford University Press, 1997.
2)Elangannan Arunan, Gautam R. Desiraju, Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011).
3)https://en.wikipedia.org/wiki/Sulfurtransferase
4)https://studopedia.ru/4_124220_glossariy.html