Получение информации о белке RLME_THEVO.

Вся информация. представленная в таблице 1 была получена из базы данных UniProt с помощью поиска по идентификатору. Были получены данные о длине белка, его молекулярной массе и числе PDB-структур.

Самое высокое разрешение рентгеноструктурного анализа: 1.45Å. Белок внесен в базу в 2005 году.

Поиск белка RLME_THEVO в UniRef.

Был проведен поиск в базе данных UniRef по идентификатору белка, чтобы получить информацию о распространенности белка. Если есть много белков внутри кластеров 100% и 90% - можно сделать вывод о важности белка=> на аминокислотную последовательность действует стабилизирующий отбор..

Сеансы поиска в Uniprot.

Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены сеансы поиска, представленные ниже. >

Поиск рибосомальной РНК большой субъединицы Е-метилтрансферазы

1. Поиск по рекомендованному названию белка

   Текст запроса: name:"Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E"
   Количество находок в Swiss-Prot: 3785
   Общее количество находок: 94206
   

2. Поиск по тому же названию среди белков своего организма

   Текст запроса: name:"Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E" organism:"Thermoplasma volcanium"
   Количество находок в Swiss-Prot: 1
   Общее количество находок: 1
   

3. Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства

   Текст запроса: "ribosomal rna large subunit methyltransferase e" taxonomy:"Thermoplasmataceae [46659]"
   Общее количество находок: 3
   

4. Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же отряда

   Текст запроса: "ribosomal rna large subunit methyltransferase e" taxonomy:"Thermoplasmatales [2301]"
   Количество находок в Swiss-Prot: 3
   Общее количество находок: 25
   

Поиск цитохромов

1. Просто поиск цитохромов

   Текст запроса: cytochrome
   Количество находок в Swiss-Prot: 10,827
   Общее количество находок: 2,950,830
   

2. Поиск цитохромов среди белков позвоночных

   Текст запроса: cytochrome taxonomy:vertebrata
   Количество находок в Swiss-Prot: 3,638
   Общее количество находок: 328,604
   

3. Поиск цитохромов среди белков инфузорий

   Текст запроса: cytochrome taxonomy:ciliophora
   Количество находок в Swiss-Prot: 11
   Общее количество находок: 2,127
   

Поиск трипсинов

1. Поиск по слову "трипсин"

   Текст запроса: name:trypsin
   Количество находок в Swiss-Prot: 312
   Общее количество находок: 22,706
   

2. Поиск трипсинов, исключая их ингибиторы

   Текст запроса: name:trypsin NOT name:inhibitor
   Количество находок в Swiss-Prot: 101
   Общее количество находок: 18,169
   

Uniprot дает возможность просматривать историю изменений записей о белке. Во вкладке History имеются все версии записей белка. Также возможно весьма удобно сравнивать разные версии записей. На момент изучения HPr kinase/phosphorylase на Uniprot последней актуальной версией является версия под номером 121. По сравнению с первой версией произошло большое количество изменений. К примеру, ID поменялся с P75548 на HPRK_MYCPN. В строке OS поменялось видовое название (был добавлен штамм бактерии), в строках OC претерпела изменения таксономия. Были добавлены строки DE, в которых указываются рекомендуемые и альтернативные названия. Также была добавлена информация по характеристикам участков последовательностей в строках FT и общая информация о функции, биологический процессах и тд в строки CC. Сравнение данных в базах Uniprot и RefSeq Были сопоставлены записи о белке в Uniprot и RefSeq Protein [2]. В общем и целом, принципиальные различия не были обнаружены, однако визуально информация в RefSeq кажется более структурированной и, как следствие, более понятной. Также дата обновления данных в RefSeq страрше на почти на 2 года (на момент выполнения задания дата в Uniprot – 28 февраля 2018 года; RefSeq – 28 августа 2016 года). Недостатком RefSeq является отсутствие идентификаторов других баз данных, что ограничивает возможность получения дополнительной информации о белке.