Мини-обзор генома и протеома бактерии Clostridium estertheticum subsp. estertheticum
1.Введение
Таксономическая принадлежность [1]:
Домен: Bacteria
Филум: Bacillota
Класс: Clostridia
Отряд: Eubacteriales
Семейство: Clostridiaceae
Род: Clostridium
Вид: Clostridium estertheticum
Подвид: Clostridium estertheticum
subsp. estertheticum
Clostridium estertheticum subsp. estertheticum относится к грамположительным бактериям рода Clostridium. Данная бактерия является психрофильной, то есть способна к росту и размножению при низких температурах, также она способна образовать споры и живет в анаэробных условиях, как и большинство клостридий. Впервые была выделена из испорченной охлажденной говядины в вакуумной упаковке [2]. В данном мини-обзоре представлено описание генома и протеома Clostridium estertheticum subsp. estertheticum.
2.Материалы и методы
Данные по геному и протеому исследуемой бактерии были взяты с сайта Национального Центра Биотехнологической информации (NCBI) [3]. Для анализа данных и построения гистограмм использовались электронные таблицы Google Sheets [1], а именно функция “COUNTIFS”, используемая для подсчета количества ячеек по заданному критерию.
3. Результаты
3.1 Количество кодируемых последовательностей разных типов в геноме.
Геном Clostridium estertheticum subsp. estertheticum представлен одной хромосомой и одной плазмидой (pDSM8809).
Всего выявлено 5 типов кодирующих последовательностей: CDS (coding sequences - последовательности кодирующие белки), rRNA (рибосомальные РНК), tRNA (транспортные РНК), ncRNA (некодирующие РНК), tmRNA (транспортно-матричная РНК, которая участвует в высвобождении рибосом, «застрявших» во время трансляции проблемных участков мРНК, а также разрушении получившихся в ходе неполной трансляции дефектных пептидов [4]). Все РНК и большинство белок-кодирующих последовательностей находятся на хромосоме, плазмида несет только 26 CDS (См. Таблица 1).
3.2 Анализ аминокислотных последовательностей.
На рисунке 1 приведено распределение длин белков. Наибольшее количество белков имеет длину 150-199 аминокислотных остатков. Далее с увеличением длины количество белков убывает. Минимальная длина белка - 19 ам. ост. , а максимальная - 3075 ам. ост. (поликетидсинтаза 1 типа - мультиферментный комплекс, синтезирующий поликетиды (вторичные метаболиты, такие как антибиотики, токсины или статины) [5]). Средняя длина белка - 302 аминокислоты.
3.3 Анализ расстояний между последовательностями (CDS).
Были проанализированы белок-кодирующие последовательности на плюс-цепи самой большой хромосомы. На рисунке 2 представлена гистограмма расстояний между ними. Наибольшее количество межгенных участков имеет длину от 0 до 99 нуклеотидов. Расстояние между некоторыми последовательностями отрицательное, значит их рамки считывания перекрываются, всего таких белков 170.