Практикум 11. Гомология и выравнивание.

1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа

AC: PF18652
ID: Adhesin_P1_N
Name: Adhesin P1 N-terminal domain
Число последовательностей в seed - 31
Число последовательностей в full - 107
Число доменных архитектур - 140
Функция домена:
Влияет на иммуногенность, антигенность, фолдинг, стабильность и функцию адгезии P1.
Таксономическая распространенность:
Данный домен встречается в основном у бактерий.

Выравнивание seed

Ссылка на файл с проектом Jalview Jalview
Абсолютно консервативные аминокислоты отсутствуют.
Максимальный достоверный блок, включающий все последовательности кроме 5 последних: 24-39 (19-33 в новом окне с выбранными последовательностями). (Я убрала последовательность с вставкой (К в 32 положении), последовательности с гэпами и последовательности с аминокислотой, не соответствующей последней аминокислоте в блоке.)
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков: 92-97.
Наиболее хорошо отражает гомологию последовательностей блок 24-39, тк наиболее консервативный. Некоторые последовательности сильно выбиваются из всего выравнивания, это свидетельствует о том, что эти последовательности накопили больше мутаций, тк отделились от общего с остальными последовательностями предка очень давно.

Исследование доменных архитектур

D4FTW6 - 16 белков и Q8RPV1 - 16 белков.
Ссылка на файл с проектом Jalview Jalview

Домены в разных доменных архитектурах различаются по последовательносям. Всего 22 одинаковые аминокислоты в разных доменных архитектурах. Блок 84-95 из первой доменной архитектуры отличается от 84-95 аминокислот из второй доменной архитектуры.

Dot Plot

Можно предположить, что во второй доменной архитектуре произошла дупликация фрагмента в начале последовательности. Также можно отметть наличие второго одинакового блока в этих доменных архитектурах, что соответствует схеме на рисунке 1.