Моя бактерия - Clostridium estertheticum subsp. estertheticum. Для поиска белка я использовала поиск по организмам (запрос - (organism_id:1552)). Всего получила 4204 находки. Я выбрала фермент ЦТФ-синтазу, этот белок приглянулся мне высокой оценкой аннотации (4/5).
ЦTФ-синтаза - это фермент, катализирующий АТФ-зависимое аминирование УТФ до ЦТФ, используя в качестве источника азота либо L-глутамин, либо аммиак.
Для поиска кластеров я использовала базу UniRef, а в качестве запроса UniProt AC (A0A1J0GBN4).
Сначала я решила поискать записи про этот белок по его названию (запрос: (protein_name:"CTP synthase")). Всего 59605 результатов. Потом я решила посмотреть, измениться ли количество находок, если добавить в запрос номер по классификации EC (запрос: (protein_name:"CTP synthase") AND (ec:6.3.4.2)). Выдало 56034 запроса, то есть на 3571 запись меньше. Интересно о чем тогда эти записи (запрос: (protein_name:"CTP synthase") NOT (ec:6.3.4.2)). Выдало 3571 запись, что логично. В них просто нет описания функции и каталитической активности данного белка.
Потом я решила посмотреть сколько записей про этот фермент у млекопитающих (запрос: (protein_name:"CTP synthase") AND (ec:6.3.4.2) AND (taxonomy_id:40674)). Всего 575 результатов. Про этот белок у человека есть 11 записей (запрос: (protein_name:"CTP synthase") AND (ec:6.3.4.2) AND (taxonomy_id:9606)). Вероятно, что часть этих записей про разные изоформы белка, образуещиеся из-за альтернативного сплайсинга РНК одного гена, а часть про белки, которые кодируют разные гены (CTPS1 и CTPS2).