Практикум 2

Задание 1

fiber -a -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-a.pdb
fiber -b -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-b.pdb
fiber -z -seq=GATCGATCGATCGATC gatc-z.pdb

Полученные структуры: A-форма, B-форма, Z-форма.

Задание 2

Мое азотистое основание- цитозин. В B-ДНК в большую бороздку обращены N4, C4, C5, C6, а в сторону малой - N1, C2, O2, N3. Красным выделены атомы, обращенные в малую бороздку, синим в большую.

Таблица 1. Свойства разных форм ДНК

	Тип спирали	Шаг спирали (Å)	Число оснований на виток	Ширина большой бороздки	Ширина малой бороздки
A-ДНК	Правая	30.9	11	11 (A:C4-B:G5)	15.1 (B:G5-A:G13)
В-ДНК	Правая	36.7	10	17.3 (A:C3-B:T19)	9.8 (B:T20-A:C9)
Z-ДНК	Левая	43.5	12	7.2 (B:G73-A:G13)	18.3 (A:C6-B:C72)

Задание 3

Упр. 2

Вторичная структура молекулы включает четыре стебля: 1-7/72-66, 10-13/25-22, 38-44/32-26, 49-53/65-61.
Наблюдаются неканонические пары: U5-G68, G49-U65, U55-G18, U36-U33, A38-C32, A44-G26, G16-U17.
Дополнительные водородные связи G16-U17, G19-C56 стабилизируют структуру вне стеблевых участков.