Timonina, pr3

Практикум 3

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

В рамках индивидуального задания я проанализировала транспортную РНК (tRNA) с PDB ID 1FFY. На первом этапе я сравнила предсказания вторичной структуры этой молекулы, полученные с помощью программ einverted, find_pair и RNAfold (использующего алгоритм Зукера).

Рис. 1 Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA.

Таб. 1. Сравнение вторичных структур тРНК по различным данным.

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр. 1

Скрипт для данного задания находится в файле

Упр. 2

Таб. 2. Количество различных ДНК-белковых контактов в 1r4o.

Упр. 3

Рис. 2. Схема ДНК-белковых контактов в 1r4o, полученная с помощью программы nucplot. Начало

Рис. 3. Схема ДНК-белковых контактов в 1r4o, полученная с помощью программы nucplot. Конец

Упр. 4.

На Рис. 4 изображен 461 остаток лизина, он образует наибольшее число контактов с ДНК. Я считаю, что именно этот аминокислотный остаток наиболее важный для распознавания последовательности ДНК, тк больше связей.

Рис. 4. Лизин 461 (K461) в цепи A белка взаимодействует с гуанином 4 (dG4) в цепи C ДНК, образуя один полярный и два неполярных контакта с его основанием.