Практикум 4

1. Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Скачала протеомы восьми бактерий, файлы: ACICJ.fasta, BARHE.fasta, BURMA.fasta, NEIMA.fasta, POLAQ.fasta, PSEMY.fasta, SACD2.fasta, THIDA.fasta. Дальше программой blastp запустила поиск гомологов, файл с выдачей

2. Реконструкция и визуализация

Далее реконструировала дерево найденных гомологов программой iqtree. Файл с формулой Newick.

Пары ортологов (белки, которые разделились в результате видообразования): CLPX_PSEMY и CLPX_SACD2; HSLU_BARHE и HSLU_PSEMY; A0A0H3LXZ4_BARHE и A5FVF9_ACICJ.

Пары паралогов (белки, которые разошлись в результате дупликации внутри одного организма): CLPX_PSEMY и HSLU_PSEMY; CLPX_SACD2 и HSLU_SACD2; CLPX_ACICJ и A5FYD7_ACICJ.

Фиолетовая группа на рис.2 содержит таксоны: BURMA, ACICJ, BARHE; белок в этой группе представляет собой АТФ-зависимую цинк металлопротеазу FtsH, этот белок встречается не у всех видов, выбранных мной, реконструкция ортологической группы соответствует филогении бактерий.

Розовая группа на рис.2 содержит таксоны: BURMA, ACICJ, BARHE, PSEMY, SACD2, THIDA; белок в этой группе представляет собой cубъединицу HslU АТФазы, этот белок встречается не у всех видов, выбранных мной, реконструкция ортологической группы соответствует филогении бактерий.

Красная группа на рис.2 содержит таксоны: BURMA, ACICJ, BARHE, PSEMY, SACD2, THIDA, POLAQ, NEIMA; белок в этой группе представляет собой cубъединицу ClpX АТФазы, этот белок встречается у всех видов, выбранных мной (по этому белку Ecoli и был произведен поиск гомологов), реконструкция ортологической группы отличается от филогении бактерий. Например, таксон NEIMA по реконструкции является базальной группой, а на филогенетическом дереве бактерий сестринским к ((POLAQ, BURMA),THIDA). По парам правильно реконструированные группы: (POLAQ, BURMA); (SACD2,PSEMY); (BARHE, ACICJ). Но их положение внутри дерева не сооответсвует филогении, клада (BARHE, ACICJ) должна быть базальной для всех оставльных таксонов.