A-субъединица топоизомеразы IV(1D3Y)
Структура в целом
Структура представлена белком-гомодимером (состоящим из двух идентичных полипептидных цепей). Биологическая единица в данном случае тождественна структуре
Полипептидная цепь
- Данный полипептид встречается у Methanocaldococcus jannaschii.
- UniProt id Q57815. Белок осуществляет релаксацию супервитков ДНК.
- В полипептидной цепи исследована одна замена по сравнению с референсной последовательностью: замена глутамата на аланин в 197 позиции. Однако, в исследуемой структуре ни она, ни какие-либо другие не наблюдаются.
- В составе цепи нет модифицированных аминокислотных остатков
Вторичная структура
Во вторичной структуре белка присутствуют α-спирали, β-листы и петли, однако первые представлены наиболее обширно.
Малые молекулы
- В структуре присутствуют Mg2+(MG) и Na+(NA)
- Ссылка на папку на google drive, содержащую программу, с помощью которой из PDB-файла были извлечены строки, в которых написаны типы малых молекул и выдачу этой программы
- Mg2+ в составе структуры координированы аминокислотами полипептида и водой. Они участвуют в связывании ДНК, и, возможно, в разрезании ДНК и дальнейшем сшивании. Na+ же просто входит в состав раствора, из которого кристаллизовали белок.
