| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Indentity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Peptidoglycan glycosyltransferase RodA | RODA_ECOLI | RODA_BACSU | 376.0 | 26.7 | 45.3 | 85 | 15 |
| Ribonuclease 3 | RNC_ECOLI | RNC_BACSU | 351.5 | 32.1 | 52.4 | 29 | 4 |
| Transcription termination factor Rho | RHO_ECOLI | RHO_BACSU | 1220.0 | 54.6 | 73.3 | 22 | 6 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Indentity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Peptidoglycan glycosyltransferase RodA | RODA_ECOLI | RODA_BACSU | 388.5 | 29.0 | 49.2 | 52 | 14 | 96.2 | 94.6 |
| Ribonuclease 3 | RNC_ECOLI | RNC_BACSU | 361.5 | 36.3 | 59.2 | 11 | 4 | 95.1 | 88.4 |
| Transcription termination factor Rho | RHO_ECOLI | RHO_BACSU | 1220.0 | 56.6 | 75.9 | 8 | 4 | 96.5 | 99.8 |
| Alignment type | Protein 1 name | Protein 2 name | ID 1 | ID 2 | Score | % Indentity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| local | Thiamine-monophosphate kinase | Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR | THIL_BACSU | NADR_ECOLI | 40.5 | 19.0 | 32.3 | 72 | 11 | 47.8 | 56.6 |
| global | Thiamine-monophosphate kinase | Trifunctional NAD biosynthesis/regulator protein NadR | THIL_BACSU | NADR_ECOLI | 24.5 | 10.1 | 18.0 | 353 | 20 | 100 (глобальное выравнивание) | 100 (глобальное выравнивание) |
Выравнивание негомологичных THIL_BACSU и NADR_ECOLI имеет небольшой счёт и малое покрытие, что подтверждает негомологичность последовательностей.
По запросу (id:RODA_*) AND (reviewed:true) нашлись 12 белков. Для выравнивания помимо белка RODA у Bacillus subtilis у Escherichia coli я выбрал его же у SHIFL(), MYCLE, TREPA, HELPJ, MYCTU RODA_ECOLI;RODA_BACSU;RODA_SHIFL;RODA_MYCLE;RODA_TREPA;RODA_HELPJ;RODA_MYCTU. При выравнивании в jalview с помощью программы muscle со стандартными настройками был получен файл.
В этой группе белков, заметно значительное локальное сходство: так, имеется много конесервативных участков, например GA**W в позиции 176-180, Q(P6/I1)*E**K(I6/V1)******(A6/L1) в позиции 191-205, D(L6/A1)G(T6/A1)*******(L6/F1),Q(S6/A1)******GG**G*(G/S) 408-422, P***(T6/S1)DFI*****E**G**G 435-463, SYGGS 521-525 и др. Такое большое число сходных участков явно указывает на гомологию всех этих последовательностей.
RNC_ECOLI;RNC_BACSU;RNC_SHIFL;RNC_MYCLE;RNC_TREPA;RNC_HELPJ;RNC_MYCTU файл.
Для этого выравнивания вообще характерно малое число крупных делеций и большое число консервативных остатков. Участки 65-75, 93-104, 127-160, 186-193, 212-219, 234-247 наиболее сходны между собой. Это приводит к выводу о гомологии всех этих белков.
RHO_ECOLI;RHO_BACSU;RHO_SHIFL;RHO_MYCLE;RHO_TREPA;RHO_HELPJ;RHO_MYCTU файл.
У этой группы белков сильно вариабелен N-конец, однако, ближе к C-концу начинают появляться обширные идентичные блоки аминокислоты. Очень высокая схожесть белков однозначно говорит об их гомологии.