Для проведения выравниваний я выбрал белок хлоропластов Spinacia oleracea - Связывающийся с рибосомой фактор PSRP1 (ID:P19954.2). Этот белок участвует в регуляции интенсивности трансляции при разных уровнях освещения и температуре. Был проведён PSI-BLAST до прекращения изменений в выдаче - в 4 итерации.
| Идентификатор белка: | P19954.2 | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 17 | P30334.1 | 0.004 | - | - |
| 2 | 28 | P9WMA8.1 | 0.003 | Q0C0T0.1 | 0.027 |
| 3 | 28 | P9WMA8.1 | 7,00E-13 | - | - |
| 4 | 28 | P9WMA8.1 | 8,00E-13 | - | - |
В итоге были получены неплохие результаты: все белки-находки рибосомные, многие участвуют в ингибировании трансляции. То, что нет находок из других хлоропластов связано с тем, что в SwissProt мало белков хлоропластов (я затем провёл BLASTP со всеми белками и находки с самыми большими E-value были из хлоропластов других растений).