Acidiphilium cryptum	ACICJ
Aromatoleum aromaticum	AROAE
Burkholderia mallei	BURMA
Escherichia coli	ECOLI
Neisseria meningitidis	NEIMA
Polynucleobacter asymbioticus	POLAQ
Pseudomonas mendocina	PSEMY
Saccharophagus degradans	SACD2

(ACICJ,((NEIMA,(AROAE,(POLAQ,BURMA))),((SACD2,PSEMY),ECOLI)))

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей

• (BURMA,POLAQ)(ACICJ,ECOLI,PSEMY,SACD2,NEIMA,AROAE)
• (BURMA,POLAQ,AROAE)(ACICJ,ECOLI,PSEMY,SACD2,NEIMA)
• (BURMA,POLAQ,AROAE,NEIMA)(ACICJ,ECOLI,PSEMY,SACD2)
• (SACD,PSEMY)(ACICJ,ECOLI,NEIMA,AROAE,BURMA,POLAQ)
• (SACD,PSEMY,ECOLI)(ACICJ,NEIMA,AROAE,BURMA,POLAQ)

2 практикум

• (SACD,PSEMY,ECOLI)(ACICJ,NEIMA,AROAE,BURMA,POLAQ) ветвь отделяет гаммапротеобактерии (первые) от всех остальных бактерий.
• (BURMA,POLAQ,AROAE,NEIMA)(ACICJ,ECOLI,PSEMY,SACD2) отделяет бетапротеобактерии (первые)

Для построения деревьев я выбрал белок MnmG - тРНК-уридин-5-карбоксиметиламинометил-модифицирующий фермент. Это фермент, модифицирующий уридин в ходе процессинга тРНК. Последовательности в fasta-формате.

FastME

Структура дерева практически идентична таксономической (из первого практикума), за исключением того, что в ней NEIMA оказалась ближе к (BURMA, POLAQ) чем AROAE

((POLAQ:0.208313,BURMA:0.158333):0.036378,((ACICJ:0.881537,((SACD2:0.228537,PSEMY:0.179954):0.04877,ECOLI:0.260225):0.020494):0.03665,AROAE:0.184247):0.01059,NEIMA:0.280806);

FastTREE

(NEIMA:0.407438370,(BURMA:0.191557757,POLAQ:0.307084538)0.967:0.075946172,(AROAE:0.238609031,(ECOLI:0.352609295,(ACICJ:1.216806333,(PSEMY:0.244767809,SACD2:0.307572855)0.779:0.058987094)0.843:0.075717291)0.984:0.119478893)0.786:0.059486794);

TNT

(AROAE,((BURMA,POLAQ),(NEIMA,(ACICJ/1-576,(ECOLI,(PSEMY,SACD2))))));

Построение дерева с аутгруппой

В качестве аутгруппы была взята последовательность белка из Helicobacter pylori. Последовательности в fasta-формате

Bootstrap

Построение филогенетического дерева на основании последовательностей 16s рРНК

(((((PSEMY/1-1526-Pseudomonas-mendocina-strain-NCIB-10541-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.070192,SACD2/1-1431-Saccharophagus-degradans-2-40-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.088293)969:0.027154,ECOLI/1-1450-Escherichia-coli-strain-U-5/41-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.123483)914:0.021846,ACICJ/1-1413-Acidiphilium-cryptum-strain-Lhet2-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.181082)1000:0.053019,NEIMA/1-1415-Neisseria-meningitidis-strain-M1027-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.095276)761:0.012181,(POLAQ/1-1485-Polynucleobacter-asymbioticus-strain-QLW-P1DMWA-1-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.090512,BURMA/1-1488-Burkholderia-mallei-strain-ATCC-23344-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.058743)847:0.01448,AROAE/1-1515-Aromatoleum-aromaticum-EbN1-16S-ribosomal-RNA-partial-sequence:0.068405);