Для объединения протеомов бактерий в один файл я использовал команду cat, затем запустил blastp с evalue 0.001 для поисков гомологов CLPX_ECOL. Ниже представлен результат работы алгоритма BLASTP.
| Sequences producing significant alignments: | Score (Bits) | E-Value |
|---|---|---|
| sp|P0A6H1|CLPX_ECOLI ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 860 | 0.0 |
| sp|A4XTZ6|CLPX_PSEMY ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 658 | 0.0 |
| sp|Q21KA8|CLPX_SACD2 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 645 | 0.0 |
| sp|Q5P160|CLPX_AROAE ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 619 | 0.0 |
| sp|Q62JK8|CLPX_BURMA ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 617 | 0.0 |
| sp|A4SXD7|CLPX_POLAQ ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 613 | 0.0 |
| sp|A5FX05|CLPX_ACICJ ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 583 | 0.0 |
| sp|Q9JTX8|CLPX_NEIMA ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 557 | 0.0 |
| sp|Q21H71|HSLU_SACD2 ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... | 99.8 | 7e-23 |
| sp|P0A6H5|HSLU_ECOLI ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... | 93.6 | 7e-21 |
| sp|Q5P503|HSLU_AROAE ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... | 93.6 | 9e-21 |
| sp|A4XPN6|HSLU_PSEMY ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... | 93.2 | 1e-20 |
| tr|A5FYD7|A5FYD7_ACICJ ATP-dependent protease ATPase subunit HslU... | 92.0 | 3e-20 |
| sp|Q62F00|HSLU_BURMA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... | 82.4 | 5e-17 |
| sp|P0AAI3|FTSH_ECOLI ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS=E... | 46.2 | 2e-05 |
| tr|A5FVF9|A5FVF9_ACICJ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... | 44.7 | 7e-05 |
| tr|A0A0H2WJ72|A0A0H2WJ72_BURMA ATP-dependent zinc metalloprotease... | 43.9 | 1e-04 |
| tr|A4SXL5|A4SXL5_POLAQ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... | 43.5 | 2e-04 |
| sp|Q9JUB0|RUVB_NEIMA Holliday junction branch migration complex s... | 42.7 | 2e-04 |
| sp|P0ABH9|CLPA_ECOLI ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... | 43.1 | 2e-04 |
| tr|A0A0U1RJ22|A0A0U1RJ22_NEIMA Replication-associated recombinati... | 40.8 | 0.001 |
Затем по данным выравнивания веб-сервисом NGPhylogeny.fr было построено дерево с помощью программы FastME. Файл с newick-записью дерева.
По построению дерева ортологичными являются белки: HSLU_AROAE и HSLU_BURMA, CLPX_ACICIJ и CLPX_POLAQ, HSLU_PSEMY и HSLU_SACD2. Паралогичными - FTSH_ECOLI и HSLU_ECOLI, HSLU_ECOLI и CLPX_ECOLI, CLPA_ECOLI и CLPX_ECOLI.
