Хотелось найти хорошо аннотированный белок, поэтому поиск велся по запросу (taxonomy_id:272844) AND (existence:1) AND (reviewed:true) - выдал 76 результатов. Конкретно J-рибонуклеаза привлекла хорошей аннотацией, и понятным функционалом.
Рассматриваемый белок - 5'-3'экзонуклеаза, для своей работы также связывает ион цинка. как сказано в описании, предпочтительно расщипляет с фосфатного или гидроксильного конца, при этом с трифосфатного конца расщипление РНК не происходит.
(taxonomy_id:272844) NOT (uniref_cluster_50:UniRef50_Q9V076) AND (active:true) NOT (existence:5) NOT (existence:4) AND (ec:3.1.13.-)
Проверить, является ли выбранный белок и его родственные единственной экзонуклеазой у исследуемой археи. Для этого проверил среди активных записей, кроме тех, где белок только предсказан, наличие экзонуклеазной функции. Чтобы не рассматривать вариации белка и родственные ему, рассмотрел только не входящие в кластер 50% схожести. Получил 1 запись о компоненте Rrp41 экзосомного комплекса, обладающего экзонуклеазной активностью. Значит рибонуклеаза J - не единственная экзорибонуклеаза. Впрочем, надо заметить что у найденного белка активность 3'-5', в то время как у изначального белка 5'-3', что может значит, что неродственные белки обычно не выполняют строго одну и ту же функцию.
(uniref_cluster_50:UniRef50_Q9V076) AND (active:true) NOT (existence:5) NOT (existence:4) NOT (keyword:KW-0269)
С другой стороны вопрос - все ли похожие белки все еще связаны с эндонуклеазной активностью. Ищем среди кластера 50% схожести, не допуская ключевого слова "экзонуклеаза". Получили 0 записей. Вероятно, структура экзонуклеазы достаточно сложна, чтобы белок мог за счет относительно небольших изменений обрести новую функцию.
(keyword:KW-0269) AND (keyword:KW-0378) AND (existence:1) AND (keyword:KW-0540) AND (keyword:KW-0694) AND ((taxonomy_id:2) OR (taxonomy_id:2157)) NOT (chebi:"CHEBI:29105")
(keyword:KW-0269) AND (keyword:KW-0378) AND (existence:1) AND (keyword:KW-0540) AND (keyword:KW-0694) AND ((taxonomy_id:2) OR (taxonomy_id:2157)) AND (chebi:"CHEBI:29105")
Проверил среди известных точно белков у прокариот, что чаще взаимодействует с экзонуклезой - цинк, или другой металл. С цинком 22 записей, без него - 12. Разница есть, но сложно оценить насколько она значима из-за небольшого числа известных белков.