Было выполнено глобальное парное выравнивание программой needle при параметрах по умолчанию для белков с мнемоникой ZUR, ZNUC, PTH.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Zinc uptake regulation protein | ZUR_ECOLI | ZUR_BACSU | 93.0 | 21.0% | 33.7% | 46 | 9 |
| *Zinc import ATP-binding protein ZnuC | ZNUC_ECOLI | ZNUC_BACSU | 302.5 | 28.8% | 44.8% | 80 | 10 |
| Peptidyl-tRNA hydrolase | PTH_ECOLI | PTH_BACSU | 315.0 | 35.4% | 54.4% | 8 | 5 |
Для тех же пар белков выполнены выравнивания программой water, так же при параметрах по умолчанию
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Zinc uptake regulation protein | ZUR_ECOLI | ZUR_BACSU | 104.4 | 25.0% | 42.1% | 14 | 5 | 78,9% | 90,3% |
| *Zinc import ATP-binding protein ZnuC | ZNUC_ECOLI | ZNUC_BACSU | 104.5 | 35.2% | 54.6% | 31 | 7 | 78,5% | 97,8% |
| Peptidyl-tRNA hydrolase | PTH_ECOLI | PTH_BACSU | 321.0 | 36.6% | 55.9% | 2 | 2 | 95,9% | 97,9% |
Были выбраны белки ETP_ECOLI (Low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase Etp) и DHG_BACSU (Glucose 1-dehydrogenase), не являющиеся гомологами. К ним были применены программы water и needle. Параметры полученных выравниваний приведены в таблице.
| Выравнивание | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Глобальное | ETP_ECOLI | DHG_BACSU | 24.0 | 9.9% | 15.5% | 199 | 5 | - | - |
| Локальное | ETP_ECOLI | DHG_BACSU | 41.0 | 23.0% | 34.0% | 34 | 4 | 63,5% | 27,6% |
У глобального выравнивания крайне малый процент идиентичности и невысокий процент сходства последовательностей. Очевидено, но вес выравния при этом силбно ниже тех, что мы наблюдали при выравнии гомологичных белков. При этом в выравнивании довольно много гэпов, что, в том числе, обосновано разной длиной белков. Впрочем, при этом число инделей не так уж высоко - программе удалось разбить последовательность на не слишком большое число участков, чтобы их выровнять, пусть и с малыми показателями сходства.
Локальное же выравнивание не так радикально отличается от варавниваний гомологичных пар белков по сходству и идиентичности. Число гэпов и инделей также не сильно отличается, например, от выравнивания ZNUC_ECOLI/ZNUC_BACSU. Впрочем, вес отличается довольно сильно.
Наиболее явно отличается локальное выравнивание небольшим покрытием - пусть сходство удалось найти для участков последовательностей, но сам участок относительно небольшой, соотетственно и индели на этом участке занимают немалую часть и не говорят о хорошем качестве выравнивания.
Мнемоника PTH - гидролаза пептидил-тРНК (Peptidyl-tRNA hydrolase).
В поиске UniProtKB по запросу (id:PTH_*) получено 763 результата, но как посредством электронных таблиц было отсеяно 2 неточных результата, поэтому искомых записей 761.
Выбраны были PTH_METBU, PTH_SALTI, PTH_RICTY, PTH_THEKO, PTH_TOLAT, PTH_ECOLI, PTH_BACSU
Выравнивание делалось внутри Jalview. Были выбраны имена последовательности в базе Uniprot, затем программой Muscle при параметрах по умолчанию построено множественное выравнивание и покрашено по проценту идиентичности.
В целом все белки более-менее выровнялись. Выделяются PTH_METBU и PTH_THEKO. Они принадлежат археям, тогда как остальные - бактериям. Между ними действительно прослеживается сходство между собой, и сильное отличие от остальных. Впрочем и у них консервативные части сохраняются.
8, 26, 68, 100, 118, 119, 122, 138, 140, 169 - консервативные позиции в выравнивании, сохраняющиеся неизменными практически у всех, ч том числе архей. Рядом с ними также блоки с довольно большим сходством. Они чередуются с менее консервативными, заметно различающимися у разных белков.