Спустя несколько итераций подбора образцов, напросился вывод, что виды должны быть пусть и близко, чтобы некоторое перекрытие геномов находилось, но по возможности максимально далеко, чтобы успели накопиться различные точечные мутации и иные искажения, чтобы Megablast не распознал в таких областях гомологии. Тогда были исследованы геномы двух видов одного рода Bacillus - Bacillus anthracis NZ_CP076225.1 и Bacillus subtilis NC_000964.3
Задание 2
Рис. 1 DotPlot полученный Megablast Данная карта практически совсем неиформативна. наблюдаются лишь небольшие точечные находки, которые сложно как-либо охарактеризовать, только 2-3 линии точек могут быть основаниями, чтобы предположить гомологичные области.
Рис. 2 DotPlot полученный blastn В сравнении с предыдущей данная карта локального сходства, полученная blastn более информативна. Наблюдаются несколько гомологичных участков генома, претерпевших разные перестройки.
Рассмотрим подробнее, какие глобальные перестройки генома разделяют эти виды, по участкам гомологии, которые отображены на карте
Рис. 2 DotPlot полученный blastn Оранжевыми линиями наметил принципиальное положение участков генов на карте. Из этого видно, что правая прямая заканчивается на том же уровне, что начинается самая левая. Это, вероятно, значит, что исследователи изучали одну и ту же цепь (направлена в целом вправо вверх), но взяли разные точки отсчета у геномов. С учетом этого направления и того, что часть линий направлена в другую сторону, можно предположить, что произошла инверсия (зеленым). Красным отмечены многочисленные повторы. В правой части карты можем видеть, что линия идет не совсем на одно уровне, а разбивается на две. Вероятно произошли делеция в последовательности, отложенной по OY, или инсерция в последоватеоьности по OX (Синим).