В сторону большой бороздки обращены атомы DT-7.c7, DT-7.c5, DT-7.c4, DT-7.o4
В сторону малой бороздки обращены атомы DT-7.o2, DT-7.c2, DT-7.n1 (Рис.1)
Рис. 1 Тимин
A‑форма | B‑форма | Z‑форма | ||
Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая | |
Шаг спирали (Å) | 29.6 | 33.6 | 43.5 | |
Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 | |
Ширина большой бороздки | 11.2(A/DG-5:P-B/DG-4:P) | 17.4(A/DA-6:P-B/DG-16:P) | 8.2(A/DG-6:P-B/8MG-10) | |
Ширина малой бороздки | 15.2(A/DG-5:P-B/DG-13:P) | 12.9(A/DA-6:P-B/DG-22:P) | 14.5(A/DC-3:P-B/8MG-10) |
Анализ
Координаты стеблей: [1-7:72-66] (акцепторный стебель); [49-53:65-61] (T-стебель); [38-44:32-26] (антикодоновый стебель); [10-13:25-22] (D-стебель)
Неканонические пары оснований: [2:71]; [54:58]; [55:17]; [32:38]; [44:26]; [13:22]; [8:46]; [14:21]; [15:48]
Водородные связи вне стеблей: [54:58]; [55:17]; [8:46]; [14:21]; [15:48]; [18:56]; [19:56]
Рис. 1 Стэкинг