Практикум 2

Задание 1

Задание 2

В сторону большой бороздки обращены атомы DT-7.c7, DT-7.c5, DT-7.c4, DT-7.o4
В сторону малой бороздки обращены атомы DT-7.o2, DT-7.c2, DT-7.n1 (Рис.1)

Рис. 1 Тимин

A‑форма B‑форма Z‑форма
Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
Шаг спирали (Å) 29.6 33.6 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 11.2(A/DG-5:P-B/DG-4:P) 17.4(A/DA-6:P-B/DG-16:P) 8.2(A/DG-6:P-B/8MG-10)
Ширина малой бороздки 15.2(A/DG-5:P-B/DG-13:P) 12.9(A/DA-6:P-B/DG-22:P) 14.5(A/DC-3:P-B/8MG-10)

Задание 3

Анализ
Координаты стеблей: [1-7:72-66] (акцепторный стебель); [49-53:65-61] (T-стебель); [38-44:32-26] (антикодоновый стебель); [10-13:25-22] (D-стебель)
Неканонические пары оснований: [2:71]; [54:58]; [55:17]; [32:38]; [44:26]; [13:22]; [8:46]; [14:21]; [15:48]
Водородные связи вне стеблей: [54:58]; [55:17]; [8:46]; [14:21]; [15:48]; [18:56]; [19:56]

Рис. 1 Стэкинг