Была проанализирована структура тРНК 1g59. Результат моделирования einverted не сопал с реальной структурой, моделирование же RNAfold довольно близки
| Особенность структуры | Реальная структура | Предсказание einverted | Предсказание RNAfold |
| Акцепторный стебель | [1-7:72-66] | - | [1-7:71-65] |
| T-стебель | [49-53:65-61] | - | [48-52:64-60] |
| Антикодоновый стебель | [26-32:44-38] | - | [27-31:43-39] |
| D-стебель | [10-13:25-22] | - | [9-13:26-22] |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 17 | 20 |
Исследовался комплекс 1ddn.
Сценарий, выделяющий поочередно set1, set2, set3: script
| Контакты атомов белка с... | Полярные | Неполярные | Всего |
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 24 | 28 |
| Остатками фосфорной кислоты | 34 | 20 | 54 |
| Остатками АО большой бороздки | 5 | 27 | 32 |
| Остатками АО малой бороздки | 0 | 1 | 0 |
Из таблицы видим, что доминируют гидрофобные контакты, в основном гидрофильные ассоциированы с фосфатом. в малой бороздке контактов почти нет
Исходя из схемы nucplot, Gln43:C образует больше всего - 2 в разных точках днк - контакта. Мне кажется что Gln43:C и Gln43:A крайне важны для узнавания ДНК, тк связываение обычно происходит со стороны большой бороздки, а они глубоко в нее погружены и взаимодействуют с ДНК
Рис. 1 Gln43:C, взаимодействующая с ДНК
Рис. 2 Gln43:A, погруженная в большую бороздку ДНК