В данном практикуме рассматривается большая панда (Ailuropoda melanoleuca). Это млекопитающее из семейства медвежьих весом порядка 100 и более кг. Большая панда является культурно значимой для Китая, благодаря чему при выборах нового животного для игры Minecraft среди китайской аудитории панда выиграла голосование и была добавлена в игру. Диплоидный набор состоит из 42 хромосом.
Поисковый запрос в системе NCBI Datasets был "Ailuropoda melanoleuca" с выбранными параметрами "Reference genomes", "Annotated genomes" и выдача состояла из одной геномной сборки, являющейся референсной с уровнем сборки Chromosome, что означает что была восстановлена последовательность хромосом из скафолдов
Рис. 1 Панды в естественной среде обитания. источник
Задание 2
Выбранная геномная сборка обладает следующими характеристиками
Идентификатор GenBank
GCA_002007445.3
Идентификатор RefSeq
GCF_002007445.2
Общий размер геномной сборки
2 440 260 518
Хромосомы
21
Скафолды
73513
N50: 129.2Mb
L50: 8
Контиги
122819
N50: 127.7kb
L50: 5,332
N50 - это длина фрагмента, такая что 50% всей сборки содержится в фрагментах такой и большей длины, или наименьший из фрагментов множетва составляющего L50
L50 - это наименьшее число фрагментов, в которых содержится 50% всей сборки.
Размер хромосом сотавляет порядка 100Mb, поэтому параметр N50 скафолдов равный 126.2Mb говорит о хорошем качестве данной сборки, то есть половина сборки содержится в фрагментах сопоставимых с хромосомой, однако большое их количество означет большое количество небольших скафолдов. В описании сказано что при покрытии генома в 93% 73492 скафолдов не нашли своего размещения, видимо они и составляют проблему данной сборки. В остальном неплохой уровень покрытия и хромосомный уровень сборку, вероятно, позволяют считать, что сборка достаточно неплохо отражает биологическую информацию о последовательности и согласуется с литературными данными, где так же покрытие генома составляло ~94%, и предпологалось, что оставшиеся части - неспецифичные повторы. литература
