Важное замечание: на всех изображениях прямая последовательность внизу, обратная - наверху.
Рисунок 1.
Простой случай - при взгляде на хроматограмму сразу становится понятен нужный нуклеотид (T).
Рисунок 2.
Случай поинтереснее, тоже простой - есть мешающий дополнительный пик, но довольно точно определить нужный нуклеотид (A) можно (но не нужно) даже без второй хроматограммы.
Рисунок 3.
В этом случае без второй хроматограммы никак не обойтись - пики равной высоты наложились друг на друга. Нужно понять, полиморфизм это или ошибка в одной из хроматограмм. Судя по второй, всё же ошибка, можно однозначно ставить нуклеотид (C).
Рисунок 4.
Здесь ситуация ещё сложнее, чем предыдущая. Второй хроматограммы в этом месте нет, существует ли вообще на позиции нуклеотид и если да, то какой из двух, непонятно. По расстоянию с соседями похоже, что нуклеотид всё же есть, поставила код пурина (R).
Рисунок 5.
Здесь программа большей частью сама разобралась. Похоже, что это пятна краски, так как пики под ними нормальные, нуклеотид (G) опознать легко.
Характеристики анализируемых хроматограмм
Нечитаемый участок 44_F.ab1 (прямая) в начале: 1-23
Нечитаемый участок 44_F.ab1 (прямая) в конце: 675-719
Нечитаемый участок 44_R.ab1 (обратная) в начале: 1-31
Нечитаемый участок 44_R.ab1 (обратная) в конце: 714-718
Программа выделила те же нечитаемые участки, дополнительных настроек не производилось.
Качество сигнала в среднем по последовательности около 50% для отдельных файлов, в сборке около 85%.
Качество хроматограмм ниже в начале и конце (рис. 6), а также местах с аномалиями (рис. 7). Качество консенсусной последовательности ниже,
когда недоступна одна из хроматограмм или их результаты не сходятся между собой - в основном это также концевые участки.
Задание 2.
Рисунок 6.
На этой хроматограмме (WSWS2931_H3_R_E10_2013-06-11-22-39-58.ab1) видно два типа пиков, что, скорее всего, вызвано попаданием двух разных ДНК в образец. Несмотря на то, что
программа выстраивает последовательность, понятно, что определить, какие нуклеотиды относятся к какой ДНК и каковы их точные последовательности, практически невозможно.
