Практикум 9

Скрипт.

Принцип: команда compseq сама подсчитывает наблюдаемую и ожидаемую частоту динуклеотидов. Остаётся только вытащить из последнего столбца отношение наблюдаемых и ожидаемых частот и найти наибольшее относительное отклонение от 1. Как мне кажется, это вернее, чем считать абсолютную разницу частот.

Технические детали: создаётся временный файл (удаляется сразу после выполнения скрипта) compseq.out в текущей директории, на выход в стандартный поток терминала текстом выдаётся только искомый динуклеотид.

pr9_script.png
Рисунок 1. Пример работы скрипта