Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/CC 1.63( 0.37) 0.00( 0.00) 0.25( 0.00) 0.24( 0.05) 2.11( 0.42) 2 GG/CC 2.14( 0.71) 0.00( 0.00) 0.31( 0.00) 0.54( 0.05) 2.99( 0.77) 3 GC/GC 6.59( 3.49) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.81( 2.70) 12.40( 6.19) 4 CA/UG 0.41( 0.00) 0.00( 0.00) 1.73( 0.90) 0.00( 0.00) 2.14( 0.90) 5 AG/CU 2.86( 2.05) 0.00( 0.00) 0.80( 0.00) 0.00( 0.00) 3.66( 2.05) 6 GG/CC 3.34( 1.91) 0.00( 0.00) 0.47( 0.00) 0.00( 0.00) 3.81( 1.91) 7 GG/CC 2.30( 0.82) 0.00( 0.00) 0.99( 0.00) 0.00( 0.00) 3.29( 0.82) 8 GC/GC 3.50( 0.99) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.81( 3.53) 10.31( 4.51) 9 CU/AG 1.64( 0.25) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 1.64( 1.21) 3.31( 1.46) 10 UG/CA 0.52( 0.00) 0.00( 0.00) 3.18( 1.37) 0.00( 0.00) 3.71( 1.37) 11 GG/CC 4.52( 3.22) 0.00( 0.00) 0.16( 0.00) 0.00( 0.00) 4.68( 3.22) 12 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 13 GC/GC 4.75( 2.36) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.83( 2.88) 10.58( 5.23) 14 CC/GG 0.24( 0.00) 0.00( 0.00) 0.04( 0.00) 3.52( 2.22) 3.80( 2.22) 15 CU/AG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.65( 0.00) 3.36( 1.72) 4.01( 1.72) 16 UU/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.80( 0.00) 0.00( 0.00) 1.80( 0.00) 17 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.45( 0.38) 0.00( 0.00) 2.45( 0.38) 18 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 19 GU/AC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 20 UU/GA 0.00( 0.00) 5.43( 2.14) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.43( 2.14) 21 UG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.48( 2.20) 4.48( 2.20) 22 GG/CC 2.59( 1.12) 0.00( 0.00) 0.10( 0.00) 1.20( 0.36) 3.88( 1.48) 23 GG/CC 3.40( 1.93) 0.00( 0.00) 0.58( 0.00) 0.00( 0.00) 3.97( 1.93) 24 GG/UC 6.12( 4.17) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.12( 4.17) 25 GA/UU 6.04( 3.99) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.21( 1.41) 10.25( 5.39) 26 AC/GU 4.31( 2.76) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.30( 2.45) 9.61( 5.21) 27 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.13( 2.33) 0.00( 0.00) 5.13( 2.33) 28 GG/CC 3.78( 2.43) 0.00( 0.00) 0.36( 0.00) 0.00( 0.00) 4.15( 2.43) 29 GU/AC 4.58( 2.13) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.88( 3.51) 9.47( 5.64) 30 UC/AA 4.17( 1.98) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.36( 0.00) 4.52( 1.98) 31 CU/AA 2.43( 0.33) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.80( 2.00) 7.24( 2.33) 32 UG/UA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)