Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Задача: создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что лактоза пермиаза (LacY)

Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, 28.02.2004

Метка поля (line code) Запись
Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа ID LacY_Ecoli
Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности) AC P02920
Название белка, отражающее его функции DE Лактоза пермеаза (переносчик лактозы).
Дата создания документа DT 21 июль 1986
Дата последнего исправления аннотации DT 15 март 2004
Название организма OS Escherichia coli
Полное название таксона OC
Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Enterobacteriales;
Enterobacteriaceae;
Escherichia
Длина последовательности SQ 417 A
Молекулярная масса белка SQ 47357 г/моль
Число публикаций, использованных
при создании документа		 RN 11
Название журнала с самой свежей публикацией RL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96:10695-10698(1999)
Описание вторичной структуры FT Мутагенез,сайт связывания, модифицированный остаток,трансмембранные домены
Что содержит поле комментариев: CC Функция белка, субъединица, расположение в клетке,
масс-спектрометрия, сходность с другими белками
Какие особенности последовательности указаны FT Мутации, мутагенез, сайт-связывания,
периплазматические и цитоплазматические домены,
трансмембранные участок, посттрансляционная модификация остатка
Идентификатор файла PDB DR 1PV6, 1PV7

Результаты поиска в БД UniProt белков
с тем же кратким описанием (DE), что и LacY_ECOLI

Запрос Археи (Archae) Бактерии (Bacteria) Эукариоты (Eukariota)
"(([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) & [uniprot-Taxonomy:Archaea*]) " 1
"(([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) & [uniprot-Taxonomy:Bacteria*]) " 24
"(([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) & [uniprot-Taxonomy:Eukaryota*]) " 1

Часть 2. Описание процесса составления выборки.

При составлении выборки был осуществлен поиск в банке данных Uniprot по адресу http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz, поисковая система SRS. В поле для поиска Create a view были выбраны следующие критерии: ID (имя документа), Assesion number (уникальный идентификатор), Species (название организма), Taxonomy (таксономия).

Строка запроса Количество найденных документов
"((([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) | [uniprot-Description:Lactose permease*]) & (([uniprot-Species:Citrobacter freundii*] | [uniprot-Species:Yersinia pestis*]) | [uniprot-Species:Escherichia coli*])) " 3
"((([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) | [uniprot-Description:Lactose permease*]) & [uniprot-Taxonomy:Firmicutes*]) "16
"((([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) | [uniprot-Description:Lactose permease*]) & [uniprot-Taxonomy:Archae*]) "1
"((([uniprot-Description:Lactose*] & [uniprot-Description:permease*]) | [uniprot-Description:Lactose permease*]) & [uniprot-Taxonomy:Eukariota*]) "0

Часть 3. Описание выборки.

В выборку включены все найденные белки, удовлетворяющие приведенным выше условиям. + при выборке белков из Firmicutes, Архей (Archae), Эукариот (Eukariota) были выбраны первые из списка.

№ ID AC Организм Таксон
1 LACY_CITFR P47234 CITROBACTER FREUNDII BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE CITROBACTER
2 LACY_ECOLI P02920 ESCHERICHIA COLI BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA
3 Q8FKG7 Q8FKG7 ESCHERICHIA COLI O6 BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA
4 Q9ZB18 Q9ZB18 LACTOCOCCUS LACTIS BACTERIA FIRMICUTES LACTOBACILLALES STREPTOCOCCACEAE LACTOCOCCUS
5 Q8L2I0 Q8L2I0 STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS BACTERIA FIRMICUTES LACTOBACILLALES STREPTOCOCCACEAE STREPTOCOCCUS
6 Q7WTB2 Q7WTB2 LACTOBACILLUS HELVETICUS BACTERIA FIRMICUTES LACTOBACILLALES LACTOBACILLACEAE LACTOBACILLUS
7 Q9Y9N5 Q9Y9N5 AEROPYRUM PERNIX ARCHAEA CRENARCHAEOTA THERMOPROTEI DESULFUROCOCCALES DESULFUROCOCCACEAE AEROPYRUM

Назад