Учебный сайт Кирилла Цуканова → Первый семестр

Сбор информации о бактериях из разных источников с помощью поисковых систем научного и общего назначения

Микрофотография Eubacterium cylindroides.

Партией была поставлена задача: разыскать в интернете всё, что можно, о бактерии или архее, и составить полное досье. Мне досталась бактерия Eubacterium cylindroides, штамм T2-87.

Бактерия принадлежит к царству Bacteria → тип Firmicutes → класс Erysipelotrichi → отряд Erysipelotrichales → семейство Erysipelotrichaceae. Она была открыта Г. Рокки в 1908 году и является количественно заметным компонентом микрофлоры кишечника человека и животных. По форме нитевидная или палочковидная (размером в среднем 6-8 микрометров), часто с множеством изгибов и различных гранул, иногда закручивается в такой клубок, что и не разобрать, где там голова и где хвост. Облигатный анаэроб. Лучше всего растет при 38 градусах по Цельсию, но большинство штаммов точно так же радуются жизни и при 45. Из-за типографской ошибки, вероятно, их долгое время не удавалось выделить: когда-то ошибочно перепечатали, что оптимальная температура роста равна 18 градусов. Грамвариабельна: молодые (2-4 часа) колонии грамположительны, но быстро выцветают, а 24-часовые культуры почти всегда грамотрицательны. Основные продукты метаболизма — молочная и масляная кислота. Бактерия непатогенна.

Геном бактерии был секвенирован в рамках проекта MetaHIT. Целью проекта объявлено «выяснение взаимосвязей между геномом бактерий, входящих в состав микрофлоры кишечника человека, и здоровьем или болезнью». На странице «Objectives» можно прочитать подробнее о задачах проекта.

На сайте Национального центра биотехнологий США можно найти больше информации о штамме, включая и полностью секвенированный геном (который, кстати, уже успел перебраться из статуса draft в статус complete).

Cтатистики по геному этой бактерии на сайте EBI не оказалось, поэтому для анализа статистики генома была предложена другая бактерия, Eubacterium eligens, штамм ATCC 27750 — тоже обитатель кишечника человека. Исчерпывающую статистику по ее геному с красивыми картинками и диаграммами можно посмотреть на сайте EBI. Там можно узнать, в частности, что гены основной хромосомы кодируют 2004 белка, средняя длина аминокислотной последовательности — 975 аминокислот, а две плазмиды в сумме слагают больше четверти генома этой бактерии.

(Обе бактерии изучены достаточно мало, и PubMed, к сожалению, не находит ни одной релевантной статьи.)

Источники информации