Прежде всего

ligand.spt — скрипт, порождающий картинку с лигандом и окружающими его аминокислотными остатками.

Гидрофобные контакты

В цепи A легко нашелся милый кластер из четырех гидрофобных остатков — двух лейцинов, изолейцина и аланина:

Водородные связи

Тем же способом легко нашлась и пара кислород-кислород:

Я не знаю, почему текст с длиной связи расположен намного ближе к аспарагину, чем к серину — задумано ли так или это глюк программы — но, в общем, кислород аспарагина действительно акцептор, а серина — донор :-)

Пару азот-азот найти не удалось. С другой стороны, энергия такой водородной связи невелика (даже для водородной связи), поэтому и встречаются они нечасто.

Дисульфидные мостики в инсулине

Так выглядят шесть дисульфидных мостиков в инсулине:

Контакты лиганда с белком

В моей молекуле только один тип лигандов — сульфат-ионы (если не считать воду, конечно). Не знаю, какую они выполняют функцию, но расположены они в одной плоскости, проходящей через середину белка:

Сульфат-ионы располагаются всегда на стыке соседних цепей. Возьмем, например, расположенный на стыке цепей A, B и C ([SO4]:192.B). Сульфат-ион удерживается несколькими водородными связями с остовными атомами азота остатков цепи B (показана самая близкая):

Табличка:

Атом лиганда	Атом белка	Длина связи, Å	Предположительная природа взаимодействия
O2 11039 (O2 атом сульфат-иона)	SER10:B.N	2.99	Водородная связь
O4 11041 (O4 атом сульфат-иона)	GLY107:B.N	2.67	Водородная связь
O4 11041 (O4 атом сульфат-иона)	THR110:B.N	2.73	Водородная связь
O4 11041 (O4 атом сульфат-иона)	GLY109:B.N	3.19	Водородная связь