Для работы была выбрана структура 1YM2 (бета-секретаза), для которой доступны экспериментальные данные и имеется множество самых разных структурных гомологов, из которых не составит труда выбрать находки с любыми ограничениями по RMSD и проценту сопоставленных Cα.
Указанное в pdb-файле разрешение структуры: 2.05 Å. Экспериментальные данные включают 102108 рефлексов; модель состоит из 9611 атомов. Какого-либо «соответствия» в привычном смысле между ними, конечно же, нет.
Структура включает три цепи, сосредоточимся для целей данного задания на цепи A:
| |
|
| σ=1 | σ=2 | σ=3 |
При подвеске 1 плотность обволакивает почти всю структуру, 2 — далеко не всю, на 3 ловить практически нечего.
Приблизимся (правый нижний угол, ориентация та же):
 |  |  | 
|
| σ=0.3 | σ=0.5 | σ=1 | σ=2 |
Наконец, исследуем, как изменение уровня подвески сказывается на различных остатках:
 |  |  |  |  | 
|
| Tyr | Lys | Ile | Phe | Arg | Trp |
Если гифки сильно рассинхронизированы, страницу можно сохранить на жесткий диск вместе с картинками, и тогда они не будут.
Можно заметить более быстрое, по сравнению с остальными остатками, «облысение» Lys и Arg. Не берусь сказать, можно ли это объяснить их положительным зарядом (и, следовательно, меньшей электронной плотностью) или же это просто совпадение.
Из иллюстраций можно сделать вывод, что, во-первых, координаты атомов вполне соответствуют сгущениям электронной плотности; во-вторых, качество структуры весьма и весьма неплохое (субъективно).