Текст скрипта

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1 [HIS]160:A.N #6891-[GLN]158:A.O #6876 3.46 84.1
6 [LEU]37:B.O #8128-[ILE]41:B.N #8156 2.92 113.7
Бета-тяжи
2 [ASN]120:F.N #3106-[ALA]116:F.O #3076 3.37 93.9
3 [GLU]36:B.N #8116-[ALA]33:B.O #8094 2.94 116.5
4 [SER]19:B.O #7985-[GLY]23:B.N #8018 3.28 137.1
5 [HIS]247:B.O #9831-[VAL]251:B.N #9862 2.9 147.2
6 [LYS]14:F.N #2259-[GLY]10:F.O #2233 2.96 126.2

Типичные значения длины водородной связи-около 3 ангстрем. Среднее значение 3.12, дисперсия 0.05835, среднеквадратическое отклонение 0.24155, среднее линейное отклонение 0.21551.
Угол N-O-C принимает значения в среднем около 120°. Среднее значение угла равно 116.97°. Дисперсия равна 504.64, среднеквадратическое отклонение 22.464, среднее линейное отклонение 17.037.
Также можно заметить, что в бета-тяже намного больше водородных связей, чем в альфа-спирали. Можно сделать вывод, что длина водородной связи более стабильная величина, чем угол N-O-C. Это можно объяснить тем, что энергия водороной связи регулируется законом Кулона: частичными зарядами образующих связь атомов в первой степени и квадратом расстояния между ними. Так как энергия водородной связи чаще всего варьируется не более чем в 2 раза(3-7 ккал/моль), то расстояние изменяется не более чем в 1.4 раза. Зависимость длины водородной связи от стерического фактора намного меньше, чем зависимость угла N-O-C поэтому длина водородной связи варьирует меньше. Так как энергия водородной связи меньше, чем энергия ковалентной связи(около 100 ккал/моль) в 15-30 раз, то длина связи больше в 4-6 раз: длина водородной связи 3.12 ангстрем, ковалентной около 0.6 ангстрем. Угол N-O-C чаще всего больше 100° так как возникает отталкивание между областями повышенной электронной плотности на ковалентных связях O-C и N-H.