Отчет по практикуму 10. Анализ множественных выравниваний.
На этой странице выложен отчет по практикуму 10.
1a.Вертикальные блоки
Рисунок1. Вертикальные блоки.
Выравнивание в формате FASTA
Выравнивание в формате MSF
Ссылка на весь проект
1b.Один блок из части последовательностей.
Аргументы в пользу гомологии отдельных остатков в данных последовательностях: высокое
сходство этих последовательностей между собой при отсутствии сходства с другими последовательностями.
Рисунок2. Один блок из части последовательностей.
Выравнивание в формате FASTA
Выравнивание в формате MSF
Ссылка на весь проект
2a.Число и процент абсолютно консервативных позиций; абсолютно функционально консервативных для блока 149-165.
Число абсолютно консервативных позиций: 12.
Процент абсолютно консервативных позиций: 70.59%.
Число абсолютно функционально консервативных позиций: 2.
Процент абсолютно функционально консервативных позиций: 11.76%.
2b.Число и процент позиций с гэпами для самого длинного участка, не входящего в состав блоков.
Число позиций с гэпами:208.
Процент позиций с гэпами:80%.
4.Консенсусная последовательность и LOGO одного блока.
Консенсусная последовательность для блока 149-165:AGAVESVKAASDIYAPV.
Рисунок3. LOGO для блока 149-165.
5.Паттерн для блока 149-165.
[AFT]-[GA]-[ASTL]-[VI]-E-S-V-K-A-[ATV]-[SE]-D-[TLV]-[YN]-[ACPS]-P-[YIL]
6.Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью.
Рисунок4. Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью.
Выравнивание в формате FASTA
Выравнивание в формате MSF
Ссылка на весь проект
Число совпадений добавленной последовательностями с консервативными позициями в блоках из выравнивания:7.
Процент совпадений:11.86%.
7.Множественное "выравнивание" заведомо негомологичных (не родственных) белков.
Рисунок5. Множественное "выравнивание" заведомо негомологичных (не родственных) белков.
Выравнивание в формате FASTA
Выравнивание в формате MSF
Ссылка на весь проект
Число абсолютно консервативных позиций для блока 611-615: 1.
Процент абсолютно консервативных позиций для блока 89-93: 25%.
Число абсолютно функционально консервативных позиций для блока 89-93: 2.
Процент абсолютно функционально консервативных позиций для блока 89-93: 50%.
Число позиций с гэпами для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков: 294.
Процент позиций с гэпами для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков: 73.68%.
Ссылки:Ссылка на весь проект