Таблица1. Информация о белке с идентификатором PDB 4P9U.
| Параметр | Рекомендуемое название белка | Идентификаторы PDB | Идентификаторы RefSeq | Длина в аминокислотных остатках | Молекулярная масса |
| Значение | Fatty acid metabolism regulator protein | 4P9U и 4PDK | NP_231534.1; WP_000234820.1 | 279 | 31998 |
Первичная структура известна для всего белка. Белок состоит из 1 цепи, включающих 279 аминокислотных остатков. Вторичная структура представлена в основном альфа-спиралью(168 аминокислотных остатков), бета-слои включают 15 аминокислотных остатков, имеется 1 поворот, включающий 3 аминокислотных остатка. Вторичная структура известна не для всего белка. Она неизвестна для 93 аминокислотных остатков. Этот белок участвует в регуляции метаболизма жирных кислот и липидов.
1)Идентификатор кластера Uniref 100 UniRef100_A5F6Z2, в кластере 17 белков. В нем есть белки в основном вида Vibrio cholerae(16 из 17) различных штаммов
и 1 белок вида Vibrio albensis VL426. Длины всех белков составляют 279 аминокислотных остатков.
2)Идентификатор кластера Uniref 90 UniRef90_A5F6Z2, в кластере 36 белков. В нем 26 белков из 36 принадлежат Vibrio cholerae,4-Vibrio mimicus, 2-Vibrio albensis, 3-Vibrio metoecus и 1-Vibrio sp.
Длины 34 белков составляют 279 аминокислотных остатков, 1-285 и 1-50. Белки с длиной, отличающейся от 279 принадлежат Vibrio cholerae.
3)Идентификатор кластера Uniref 50 UniRef50_Q87N05, в кластере 224 белка. Белки кластера принадлежат различным видам Vibrio(белки рода Vibrio cholerae не составляют большинство).
Длина большинства(165 из 224) составляет 279 аминокислотных остатков, как и белка, являющегося основой кластера.
1)При поиске по рекомендованному названию белка найдено 1802 записи, из них к разделу Revieved относится 240 записей, к Unrevieved 1562 записи. Текст запроса
"fatty acid metabolism regulator protein".
2) При поиске по рекомендованному названию белка среди белков из организмов того же семейства(Vibrionaceae) найдено 162 записи, из них к разделу Revieved относится 6 записей,
к Unrevieved 156 записей. Текст запроса fatty acid metabolism regulator protein taxonomy:"Vibrionaceae [641]".
3)При поиске по рекомендованному названию белка среди белков из организмов того же семейства(Proteobacteria) найдено 1406 записей, из них к разделу Revieved относится 91 записей,
к Unrevieved 1315 записей.
4)При поиске по названию myoglobin среди всех белков найдено 875 записей, из них к разделу Revieved относится 168 записей,
к Unrevieved 707 записей. Текст запроса myoglobin.
5)При поиске по названию myoglobin среди всех белков позвоночных найдено 717 записей, из них к разделу Revieved относится 134 записи,
к Unrevieved 583 записи. Текст запроса myoglobin taxonomy:"Vertebrata [7742]".
6)При поиске по названию myoglobin среди всех белков многоклеточных найдено 820 записей, из них к разделу Revieved относится 158 записей,
к Unrevieved 662 записи. Текст запроса myoglobin taxonomy:metazoa.
7)При поиске по названию myoglobin среди всех белков грибов найдено 2 записи, из них к разделу Revieved относится 1 запись,
к Unrevieved тоже 1 запись. Текст запроса myoglobin taxonomy:fungi.
8)При поиске по названию myoglobin среди всех белков грибов найдено 3 записи, относящиеся к разделу Revieved.
Текст запроса myoglobin taxonomy:ciliophora.
9)При поиске по названию myoglobin среди всех белков зеленых растений не найдено ни одной записи. Текст запроса myoglobin taxonomy:viridiplantae.
10)При поиске по названию myoglobin среди всех белков бурых водорослей не найдено ни одной записи. Текст запроса myoglobin taxonomy:Phaeophyceae.
Вывод: миоглобин характерен в основном для животных и некоторых грибов.
11)При поиске по названию трипсин среди всех белков найдено 69392 записи, из них к разделу Revieved относится 4179 записей,
к Unrevieved 65213 записей. Текст запроса trypsin.
12)При поиске ингибиторов трипсина среди всех белков найдено 5114 записи, из них к разделу Revieved относится 974 записей,
к Unrevieved 4140 записей. Текст запроса trypsin inhibitor.
Вывод: часть записей, показываемых при запросе trypsin составляют ингибиторы трипсина.
1)Запись Uniprot предоставляет больше информации, чем запись RefSeq. 2)Запись RefSeq не предоставляет информацию о вторичной структуре белка. 3)Запись RefSeq не предоставляет информацию о последовательности аминокислот белка. 4)Запись RefSeq не предоставляет ссылок на записи этого белка в дугих базах данных. 5)В записи Refseq указано меньше авторов. 6)В записи Refseq не указано рекомендуемое название белка. 7)В записи Refseq не указаны идентификаторы этого белка в других базах данных, кроме PDB.